伊麗莎白，威爾，海盜巴伯薩駕駛帆船到世界的盡頭尋找被大海怪帶走的傑克船長。三個人各有打算：伊麗莎白對傑克船長心懷歉疚，威爾想得到傑克船長的黑珍珠號來拯救在“飛翔的荷蘭人號”上服苦役的父親，巴伯薩希望說服身為九大海盜之一的傑克來參加海盜大會，對付東印度公司的貝克特勳爵。此時，勳爵得到了海上霸王，鬼船“飛翔的荷蘭人號”船長大衛瓊斯的心臟，可以隨意派遣瓊斯，他決心利用瓊斯的能力掃清七大洋的海盜。　　傑克船長終於回來，可黑珍珠號卻被因為個人利益走到一起的威爾、中國海盜嘯風和貝克特勳爵搶走。隨後三人又因黑珍珠的歸屬來了一場黑吃黑。結果傑克船長成功搶回了黑珍珠號，威爾成了貝克特勳爵安插在海盜內部的奸細，嘯風船長帶走了伊麗莎白，卻在自己的船上遭到襲擊。臨死之際，嘯風把海盜信物交給伊麗莎白，讓她接任了船長，代替自己去參加海盜大會。伊麗莎白被貝克特俘虜，，在獄中見到了威爾的父親。對伊麗莎白一往情深的將軍詹姆斯諾靈頓偷偷放走了伊麗莎白和其他船員，自己卻被殺死。與此同時，巴伯薩決定釋放困在女巫人形中的海中女神卡呂普索，將人身的女巫關了起來。　　九大海盜準時聚集在沉船島，一夥人為如何應對貝克特勳爵和鬼船吵的不可開交。此時傑克的父親，海盜佩裡船長神奇現身，宣佈按照海盜法典必須先選出海盜王。海盜們紛紛給自己投票，關鍵時刻，傑克選擇了投票給伊麗莎白，使她成為海盜王。開戰之前，伊麗莎白、巴伯薩、傑克船長與貝克特勳爵、瓊斯、威爾展開了兩方領袖的談判，伊麗莎白將威爾和傑克作了交換。　　巴伯薩解放了海中女神卡呂普索，但憤怒的女神卻沒有幫助海盜們。海戰爆發了，傑克偷出了瓊斯的心。伊麗莎白和威爾訂了婚。戰鬥中威爾被瓊斯刺中了心臟，又在傑克的幫助下刺透了瓊斯的心，不得不成為鬼船船長，挖出心臟成為不死人，在海上終生運送靈魂，每十年才能於伊麗莎白見面一次。在鬼船和海盜船的夾攻下，貝克特的艦隊被擊潰。成為威爾夫人的伊麗莎白與傑克依依惜別在海盜上開始了對威爾十年的漫長等待。傑克的黑珍珠號又被巴伯薩盜走他卻依然無拘無束過這海盜生活 （演員表後面有一段，講的是十年後伊麗莎白帶著女兒，與威爾再次會面）（完）。