火箭彈和導彈最根本的區別就在於導彈有制導系統，而火箭彈沒有制導系統。

所謂制導系統，就是控制彈體的飛行軌道和飛行姿態，引導彈體內的戰鬥部精確、合適、高效的殺傷或毀滅敵方目標的導彈內部裝置裝置的總稱。由於有了制導系統，導彈就可以自己發現、捕捉、跟蹤和鎖定敵方目標，可以根據敵方目標的運動狀態即時調整自己的飛行軌道和飛行姿態以順利的打擊敵方目標，而且不會對旁邊的非摧毀敵方目標造成大的傷害。常見的制導方式有慣性制導、主動雷達制導、被動紅外製導、電視制導、鐳射制導以及GPS地形匹配製導。

導彈由於具有制導系統，因此它發射後可以自動控制自己的飛行軌道和飛行姿態，透過調節彈翼姿態、發動機推力及方向來精確引導自己飛向預定的彈著點。它的彈著點是很精確的，誤差距離和其飛行距離相比是非常微小的，也就是上面所說的指哪打哪。一般它的造價比較高，因此通常用來打擊點目標，即精確攻擊。

而火箭彈是沒有制導系統的，它發射之後就不再可控，只能憑著發動機推力、自身的運動慣性何空氣阻力來決定彈著點。由於這三個因素都是隨機的，因此它的彈著點也是隨機的，往往較理想的彈著點誤差比較大。但是因為它沒有制導系統，所以它的造價也比導彈低很多，因此它主要用來作面打擊，利用濺射性傷害打擊敵方防護薄弱的目標，如打擊叢集人員、叢集裝甲車輛、道路、機場、港口、農田、森林以及火力排雷等等。

導彈和火箭彈都靠火箭發動機驅動，即使在沒有空氣的的情況下也能靠自己攜帶的燃燒劑和氧化劑來驅動（巡航導彈除外，它使用空氣發動機），這是它們之間的共同點。