根據散熱效果來挑選：筆記本散熱器的散熱效果主要取決於散熱器上的散熱風扇設計，其中包括風扇轉速、個數和大小；由於筆記本散熱器都是使用USB進行供電，因此在轉速方面差異不大，散熱效果好壞主要看風扇的數量和大小，劣質的散熱器往往風扇尺寸小，且只有一把風扇；而質量好的筆記本散熱器目前有兩種設計方案：最好方案是在一個散熱器內安裝多把靜音的小風扇，其優點是風力強，噪音小，而且可以控制風力大小；其次是在散熱器中只安裝一把尺寸較大的散熱風扇，風力同樣非常強勁，散熱效果好，只是噪音較大，且不能調節風力大小；

根據散熱器的材質來挑選：目前市面上常見筆記本散熱器的材質主要有兩種：鐵/鋼金屬材質以及塑膠材質。其中塑膠材質成本低，價格便宜，但導熱能力很差，與筆記本接觸的位置容易出現熱量堆積，而且耐用性差，許多廉價的筆記本散熱器都選用這種材料；相比較而言，鐵/鋼金屬材質的散熱器雖然價格稍貴，但導熱散熱效能效果好，而且美觀耐用，有質感，因此值得優先考慮；

根據散熱器的安全性來挑選：由於筆記本散熱器上都安裝有散熱風扇，如果安全設計不好，使用者的手指不小心碰到，後果將不堪設想，因此散熱器不能忽視安全隱患，目前質量好的散熱器都會在底部加裝散熱風扇擋板，使手指無法接觸到風扇，此外，底座的邊角位置也會進行折邊或弧形處理的設計，避免劃傷使用者的手指。