共有兩個版本。
第一個版本：
1999年任天堂推出了GB的更新機型GBP和GBC，同是也在11月21日發售了有色彩的口袋妖怪 金銀，金銀的發售同樣也帶動了GBP和GBC的銷量。本作從原來的151個精靈增加到251個。地圖和劇情也都是全新的。遊戲設定在第一代的4年後，在成都地區冒險後則要到達4年後的前作舞臺關東地區，最後與前作主角一較高下，巨大的雙地圖使得本作至今都被不少玩家喻為口袋妖怪最高作，其原因和豐富的遊戲系統是分不開的，真實時間的加入也讓玩家有了更大的代入感。兩個版本的口袋妖怪樣子都不同，在聯動方面不僅兩個版本可以聯動，還可以利用時間膠囊和前作聯動。2000年，加強版-水晶發售，在精靈出場時增加了動畫，口袋遊戲裡第一次可以選擇女主角，部分地圖有了變化，並且選取了人氣最高的水君製作了全新的劇情，並且可以和當時很流行的日本手機撥號聯動對戰。
第二個版本：
任天堂新型掌機GBA終於在萬眾期待中推出了，可是遲遲都沒有正統口袋的訊息。最後終於在2002年11月12日發售。本次口袋畫面變化很大，接助著GBA強大的機能，使口袋又提高到了一個新的境界。寵物也從251個再次提升到386個，這次口袋取消了黑夜白天的設計，加入了時鐘的概念。新的芳緣地區，新的敵人熔岩團和水艦團，新的人物，新的故事，新的神獸，新的雙主角。新增加了2V2的戰鬥，增加了選美比賽和秘密基地。這一系列新的要素造就了紅藍寶石在GBA上的成功。為了彌補GBA不能和前代掌機聯機交換寵物的弊端，2004年發售了開山之作紅綠的復刻版——火紅葉綠。這次的復刻版除了畫面的飛躍之外，還增加了新的南方七島地圖和無線聯機，同時增加了部分金銀時代的寵物的捕捉地點（當然有些還是需要官方活動）。火葉通關後可與寶石系列聯機交換寵物。而後發售的綠寶石則是寶石版的加強版，新增加和改動了部分劇情，無線聯機，部分道館館主發生變化，增加了一段關於固拉多蓋歐卡的海陸大戰的劇情，同時增加了天空龍裂空坐的劇情，當然最吸引人的則是通關後的對戰天堂——戰鬥邊疆。
共有兩個版本。
第一個版本：
1999年任天堂推出了GB的更新機型GBP和GBC，同是也在11月21日發售了有色彩的口袋妖怪 金銀，金銀的發售同樣也帶動了GBP和GBC的銷量。本作從原來的151個精靈增加到251個。地圖和劇情也都是全新的。遊戲設定在第一代的4年後，在成都地區冒險後則要到達4年後的前作舞臺關東地區，最後與前作主角一較高下，巨大的雙地圖使得本作至今都被不少玩家喻為口袋妖怪最高作，其原因和豐富的遊戲系統是分不開的，真實時間的加入也讓玩家有了更大的代入感。兩個版本的口袋妖怪樣子都不同，在聯動方面不僅兩個版本可以聯動，還可以利用時間膠囊和前作聯動。2000年，加強版-水晶發售，在精靈出場時增加了動畫，口袋遊戲裡第一次可以選擇女主角，部分地圖有了變化，並且選取了人氣最高的水君製作了全新的劇情，並且可以和當時很流行的日本手機撥號聯動對戰。
第二個版本：
任天堂新型掌機GBA終於在萬眾期待中推出了，可是遲遲都沒有正統口袋的訊息。最後終於在2002年11月12日發售。本次口袋畫面變化很大，接助著GBA強大的機能，使口袋又提高到了一個新的境界。寵物也從251個再次提升到386個，這次口袋取消了黑夜白天的設計，加入了時鐘的概念。新的芳緣地區，新的敵人熔岩團和水艦團，新的人物，新的故事，新的神獸，新的雙主角。新增加了2V2的戰鬥，增加了選美比賽和秘密基地。這一系列新的要素造就了紅藍寶石在GBA上的成功。為了彌補GBA不能和前代掌機聯機交換寵物的弊端，2004年發售了開山之作紅綠的復刻版——火紅葉綠。這次的復刻版除了畫面的飛躍之外，還增加了新的南方七島地圖和無線聯機，同時增加了部分金銀時代的寵物的捕捉地點（當然有些還是需要官方活動）。火葉通關後可與寶石系列聯機交換寵物。而後發售的綠寶石則是寶石版的加強版，新增加和改動了部分劇情，無線聯機，部分道館館主發生變化，增加了一段關於固拉多蓋歐卡的海陸大戰的劇情，同時增加了天空龍裂空坐的劇情，當然最吸引人的則是通關後的對戰天堂——戰鬥邊疆。