第一卷敘阿難因乞食，被摩登伽女用幻術攝入媱席，將毀戒體。如來放光，並勅文殊師利以神咒往護，遂將阿難及摩登伽女來歸佛所。阿難見佛，頂禮悲泣，悔恨自己一向多聞，道力未全，因而啟請宣說十方如來得成菩提妙奢摩他，三摩，禪那最初方便。佛告以一切眾生從無始來生死相續，皆由不知常住真心性淨明體，有諸妄想故有輪轉。又告以有三摩提，名"大佛頂首楞嚴王、具足萬行、十方如來、一門超出妙莊嚴路"。能破客塵煩惱，以顯常住真心性淨明體云云。

第二卷因波斯匿王之問，顯示真性圓明無生無滅本來常住之理。並說一切眾生輪迴世間由二顛倒分別妄見，隨業輪轉：一、眾生別業妄見，二、眾生同分妄見。應當抉擇真妄，而明五陰身心不有，世界本空，破我法二執，顯本覺真如，顯示五陰本如來藏妙真如性。

第三卷佛對阿難陀就六入、十二處、十八界、七大等一一說明本如來藏妙真如性。

第四卷因富樓那之問，顯示世間一切根塵陰處等皆如來藏清淨本然，但以三種相續：即世界相續，眾生相續，業果相續，諸有為相循業遷流。妄因妄果其體本真。真智真斷不重起妄，是故如來證真故無妄。四大本性周遍法界。歇即菩提，不從人得等。

第五卷憍陳如五比丘，優波尼沙陀、香嚴童子、藥王藥上二法王子、跋陀婆羅等十六開士、摩訶迦葉及紫金光比丘尼等、阿那律陀、周利槃特迦、轎梵缽提、畢陵伽婆蹉、須菩提、舍利弗、普賢菩薩、孫陀羅難陀、富樓那彌多羅尼子、優波離、大目犍連、烏芻瑟摩、持地菩薩、月光童子、瑠璃光法王子、虛空藏菩薩、彌勒菩薩、大勢至菩薩等，各各自說最初得道的方便以顯圓通。

第六卷最後觀世音菩薩說耳根圓通，以聞燻聞脩金剛三昧無作妙力，成三十二應，入諸國土。獲十四種無畏功德，又能善獲四不思議無作妙德。文殊師利以偈讚歎。佛更為說四種律儀(媱、殺、盜、妄)，令離禪魔。

第七卷佛說四百三十九句大佛頂陀羅尼。此即大白傘蓋佛頂陀羅尼經。並說安立壇場法則及持誦功德。次因阿難請問修行位次，佛先為說十二類眾生(胎、卵、溼、化、有色、無色、有想、無想、非有色、非無色、非有想、非無想)顛倒之相。

第八卷說明三摩提三種漸次。次明五十七位：乾慧地、十信、十住、十行、十回向、四加行、十地、等覺、妙覺。又因文殊問，示經五名，說明經的歸趣。因阿難問，說地獄趣造十習因，受六交報，以及鬼、畜、人、仙、修羅、天等七趣，自業所感差別。

第九卷說明三界二十五有之相。次明奢摩他中微細魔事，即五陰魔等。

第十卷說五陰的行陰魔中十種外道(二無因論、四編常論、四一分常論、四有邊論、四種顛倒不死矯亂遍計虛論、立五陰中死後有相心顛倒論、立五陰中死後無相心顛倒論、立五陰中死後俱非心顛倒論、立五陰中死後斷滅心顛倒論、立五陰中五現涅槃心顛倒論)。識陰魔中禪那現境十種魔事。次明五陰相中五種妄想等。