1、最佳化政府機構設定
目前政府機構設定過多、分工過細，這是造成部門職能交叉、權責脫節、執行不暢、效率低下的主要原因。最佳化政府組織結構，必須繼續推進機構改革，最佳化機構設定，重點是積極穩妥實施大部門制改革。實施大部門制改革，主要是對職能相近、管理分散、分工過細的機構，對職責交叉重複、相互扯皮、長期難以協調解決的機構，進行整合調整、綜合設定，形成科學合理、精幹高效的管理體系。實施這項改革是一個循序漸進的過程，還需要從各方面的實際出發，堅持積極穩妥方針，把握好條件和時機，著力解決突出矛盾和問題。《決定》提出要“統籌黨政群機構改革”，這是著眼於加強黨的執政能力和國家治理體系現代化建設做出的重大決策，具有重要的現實意義和長遠意義。與政府機構相比，黨委部門、人大、政協、法院、檢察院機關以及人民團體機關的機構設定數量較少，具有一定特殊性，但同樣存在某些機構及其內設機構設定不科學、不合理、職責關係不順等問題，有必要按照改革要求進行適當的調整和完善，有的還需要結合職能調整進行適當整合。透過改革，形成適應全面深化改革和發展要求的黨政群機構新格局。
2、理順部門職責關係
目前，政府部門存在的一些體制機制問題，固然與職能轉變不到位、機構設定不科學有關，但很大程度上體現在部門間的職責分工不合理、責權不一致、執行機制不完善。
《決定》在強調轉變政府職能、深化機構改革的同時，明確提出要最佳化職能配置，理順部門職責關係，完善執行機制，這是最佳化政府組織結構的重要內容。
一是合理界定政府部門的職能分工，進一步明確和強化責任，完善政府職責體系。按照宏觀調控部門、市場監管部門、社會管理和公共服務部門的職責定位，合理確定各自的權責範圍和職能重點，堅持一件事情原則上由一個部門負責，確需多個部門管理的事項，明確牽頭部門，分清主次責任,建立健全部門間的協調配合機制，形成工作合力，提高行政效率。
二是在合理劃分各級政府事權的基礎上，理順上級部門、垂直管理機構與下級政府及其部門的職責關係。
三是按照決策權、執行權、監督權既相互制約又相互協調的要求，最佳化政府部門權力結構，明確不同部門的權力性質、地位及其相互關係。適當集中相關部門決策職能，加強決策諮詢能力和現代智庫建設，提高決策科學性。強化執行機關和部門執行力，提高行政效能。完善監督機關和部門的體制機制，促使政府部門依法履行職責。健全政府內部權力執行程式和工作規則，完善工作流程，加強制度建設，克服行政權力部門化傾向，確保各項權力依法有序執行。
3、最佳化行政區域設定
行政區劃設定是否科學合理直接關係國家治理體系和政府組織結構最佳化；實行省直接管理縣（市）是行政體制改革的重要內容，對最佳化行政層級、提高行政效率具有重要意義。改革開放以來，一些省在適度調整行政區劃設定和佈局等方面進行了改革和探索，對促進城鎮化和區域經濟社會發展發揮了積極作用。《決定》提出要繼續開展這方面的改革和探索。一是科學把握以人為核心的新型城鎮化發展對行政區劃調整的新需求，以提高城鎮化發展質量和效益為出發點，以促進資源最佳化配置、提高行政效率為目標，穩妥開展行政區劃體制創新。完善設市標準，對具備條件的縣有序改市。二是按照分步實施、先易後難、成熟先行的原則，在一些人口規模、面積大小、管理幅度適合的地方，依法有序探索省直接管理縣（市）體制改革。繼續推行擴大縣（市）許可權或縣級財政由省直接管理的改革試點，在此基礎上有條件的可進一步探索省直接管理縣（市）。三是堅持從實際出發，因地制宜決策，及時總結經驗，加以正確引導。四是堅持配套改革。無論是行政區劃調整，還是探索省直接管理縣（市）改革，不僅涉及事權劃分，還涉及人事管理、財政管理、司法管轄等方面的體制調整，都需要綜合考慮，科學論證。
4、嚴格績效管理
嚴格績效管理是最佳化政府組織結構，提高政府執行力、公信力的重要途徑，是加強公務員隊伍建設、樹立正確政績觀的客觀需要。近年來，一些地方政府和部門結合實際，開展多種形式的政府績效管理實踐，取得了一定的成效和經驗，但總體上尚處於探索階段。《決定》提出要“嚴格績效管理，突出責任落實，確保權責一致”，這為全面推進績效管理指明瞭方向。一是要按照科學發展和全面正確履行政府職能的要求，科學確定績效評估的指標體系和指標權重。二是根據不同部門、不同地區、不同層級政府的職能特點和管理任務，建立與之相適應的績效標準和考核重點，增強績效管理的科學性、針對性、有效性。三是完善績效評估機制和方法。四是注重績效評估結果有效運用。
5、嚴格控制機構編制
機構編制管理是最佳化黨的執政資源配置和加強國家政權建設的一項基礎性工作。《決定》提出：“嚴格控制機構編制，嚴格按規定職數配備領導幹部，減少機構數量和領導職數，嚴格控制財政供養人員總量。推進機構編制管理科學化、規範化、法制化。”這對加強機構編制管理提出了新的更高的要求，具有很強的現實針對性，要切實貫徹落實。一是強化機構編制剛性約束。各地各部門應嚴格按規定設定機構、配備人員編制和領導職數，在核定的行政編制和領導職數內配備人員。二是創新機構編制管理。樹立新的管理理念，著力向改革要編制、向管理要編制、向資訊科技要編制，妥善處理嚴格控制與滿足需求的矛盾。三是嚴肅機構編制紀律。嚴格遵守機構編制各項法律法規和政策，嚴禁行政編制和事業編制混用，嚴禁上級部門干預下級機構編制事項。健全機構編制監督檢查和協調機制，加大違法違紀行為查處力度，維護機構編制管理的嚴肅性和權威性。
1、最佳化政府機構設定
目前政府機構設定過多、分工過細，這是造成部門職能交叉、權責脫節、執行不暢、效率低下的主要原因。最佳化政府組織結構，必須繼續推進機構改革，最佳化機構設定，重點是積極穩妥實施大部門制改革。實施大部門制改革，主要是對職能相近、管理分散、分工過細的機構，對職責交叉重複、相互扯皮、長期難以協調解決的機構，進行整合調整、綜合設定，形成科學合理、精幹高效的管理體系。實施這項改革是一個循序漸進的過程，還需要從各方面的實際出發，堅持積極穩妥方針，把握好條件和時機，著力解決突出矛盾和問題。《決定》提出要“統籌黨政群機構改革”，這是著眼於加強黨的執政能力和國家治理體系現代化建設做出的重大決策，具有重要的現實意義和長遠意義。與政府機構相比，黨委部門、人大、政協、法院、檢察院機關以及人民團體機關的機構設定數量較少，具有一定特殊性，但同樣存在某些機構及其內設機構設定不科學、不合理、職責關係不順等問題，有必要按照改革要求進行適當的調整和完善，有的還需要結合職能調整進行適當整合。透過改革，形成適應全面深化改革和發展要求的黨政群機構新格局。
2、理順部門職責關係
目前，政府部門存在的一些體制機制問題，固然與職能轉變不到位、機構設定不科學有關，但很大程度上體現在部門間的職責分工不合理、責權不一致、執行機制不完善。
《決定》在強調轉變政府職能、深化機構改革的同時，明確提出要最佳化職能配置，理順部門職責關係，完善執行機制，這是最佳化政府組織結構的重要內容。
一是合理界定政府部門的職能分工，進一步明確和強化責任，完善政府職責體系。按照宏觀調控部門、市場監管部門、社會管理和公共服務部門的職責定位，合理確定各自的權責範圍和職能重點，堅持一件事情原則上由一個部門負責，確需多個部門管理的事項，明確牽頭部門，分清主次責任,建立健全部門間的協調配合機制，形成工作合力，提高行政效率。
二是在合理劃分各級政府事權的基礎上，理順上級部門、垂直管理機構與下級政府及其部門的職責關係。
三是按照決策權、執行權、監督權既相互制約又相互協調的要求，最佳化政府部門權力結構，明確不同部門的權力性質、地位及其相互關係。適當集中相關部門決策職能，加強決策諮詢能力和現代智庫建設，提高決策科學性。強化執行機關和部門執行力，提高行政效能。完善監督機關和部門的體制機制，促使政府部門依法履行職責。健全政府內部權力執行程式和工作規則，完善工作流程，加強制度建設，克服行政權力部門化傾向，確保各項權力依法有序執行。
3、最佳化行政區域設定
行政區劃設定是否科學合理直接關係國家治理體系和政府組織結構最佳化；實行省直接管理縣（市）是行政體制改革的重要內容，對最佳化行政層級、提高行政效率具有重要意義。改革開放以來，一些省在適度調整行政區劃設定和佈局等方面進行了改革和探索，對促進城鎮化和區域經濟社會發展發揮了積極作用。《決定》提出要繼續開展這方面的改革和探索。一是科學把握以人為核心的新型城鎮化發展對行政區劃調整的新需求，以提高城鎮化發展質量和效益為出發點，以促進資源最佳化配置、提高行政效率為目標，穩妥開展行政區劃體制創新。完善設市標準，對具備條件的縣有序改市。二是按照分步實施、先易後難、成熟先行的原則，在一些人口規模、面積大小、管理幅度適合的地方，依法有序探索省直接管理縣（市）體制改革。繼續推行擴大縣（市）許可權或縣級財政由省直接管理的改革試點，在此基礎上有條件的可進一步探索省直接管理縣（市）。三是堅持從實際出發，因地制宜決策，及時總結經驗，加以正確引導。四是堅持配套改革。無論是行政區劃調整，還是探索省直接管理縣（市）改革，不僅涉及事權劃分，還涉及人事管理、財政管理、司法管轄等方面的體制調整，都需要綜合考慮，科學論證。
4、嚴格績效管理
嚴格績效管理是最佳化政府組織結構，提高政府執行力、公信力的重要途徑，是加強公務員隊伍建設、樹立正確政績觀的客觀需要。近年來，一些地方政府和部門結合實際，開展多種形式的政府績效管理實踐，取得了一定的成效和經驗，但總體上尚處於探索階段。《決定》提出要“嚴格績效管理，突出責任落實，確保權責一致”，這為全面推進績效管理指明瞭方向。一是要按照科學發展和全面正確履行政府職能的要求，科學確定績效評估的指標體系和指標權重。二是根據不同部門、不同地區、不同層級政府的職能特點和管理任務，建立與之相適應的績效標準和考核重點，增強績效管理的科學性、針對性、有效性。三是完善績效評估機制和方法。四是注重績效評估結果有效運用。
5、嚴格控制機構編制
機構編制管理是最佳化黨的執政資源配置和加強國家政權建設的一項基礎性工作。《決定》提出：“嚴格控制機構編制，嚴格按規定職數配備領導幹部，減少機構數量和領導職數，嚴格控制財政供養人員總量。推進機構編制管理科學化、規範化、法制化。”這對加強機構編制管理提出了新的更高的要求，具有很強的現實針對性，要切實貫徹落實。一是強化機構編制剛性約束。各地各部門應嚴格按規定設定機構、配備人員編制和領導職數，在核定的行政編制和領導職數內配備人員。二是創新機構編制管理。樹立新的管理理念，著力向改革要編制、向管理要編制、向資訊科技要編制，妥善處理嚴格控制與滿足需求的矛盾。三是嚴肅機構編制紀律。嚴格遵守機構編制各項法律法規和政策，嚴禁行政編制和事業編制混用，嚴禁上級部門干預下級機構編制事項。健全機構編制監督檢查和協調機制，加大違法違紀行為查處力度，維護機構編制管理的嚴肅性和權威性。