（1）使用農藥防治農作物病蟲害，直接汙染食用作物。但在食用作物上的殘留受到農藥的品種、劑型、施用次數、施藥方法、施藥時間、氣象條件以及植物品種等多種因素的影響。（2）農藥被植物根部吸收後轉移至食物中，引起食物汙染。據研究證實，噴灑農藥後有40%～60%的農藥降落在土壤中。土壤中農藥可透過植物的根系吸收轉移至植物組織內部和食物中，土壤中農藥汙染量越高，食物中的農藥殘留量也越高。同時還受植物的品種、根系分佈等多種因素的影響。（3）施用農藥的同時或以後對大氣、水體的汙染造成動植物體內含有農藥殘留，間接汙染食品。（4）經過食物鏈和生物富集作用汙染食品。農藥對水體造成汙染後，使水生生物長期生活在低濃度的農藥中，水生生物透過多種途徑吸收農藥，透過食物鏈可逐級濃縮。這種食物鏈的生物濃縮作用，可使水體中微小的汙染而導致食物的嚴重汙染。如從水中農藥→浮游生物→水產動物→高濃度農藥殘留食品。這種富集係數藻類達500倍，魚貝類可達2000～3000倍，而食魚的水鳥高達10萬倍以上。（5）運輸及儲存過程中由於和農藥混放而造成的食品汙染。食品在運輸中由於運輸工具、車船等裝運過農藥未予清洗以及食品與農藥的混運，可引起農藥的汙染。另外，食品在儲存中與農藥混放，尤其是糧倉中使用的熏蒸劑未按規定存放，也可導致汙染。