至今，在雷州半島民間關於馬援的故事流傳很廣，膾炙人口。

東漢建武16年（公元40年），交趾郡（現越南境內）首領徵側、徵貳姐妹反叛，史稱“二徵起義”，叛軍佔據了九真、日南及合浦（漢代雷州半島屬合浦郡）等郡65城，攻佔了南嶺以南的大片土地，波及越南中部，廣西欽州、北海、防城、雷州半島、海南島等地，給當地黎民百姓帶來極大滋擾。

公元42年4月，得知徵側起義稱王后，光武帝下詔令華南各郡製造車船，修築道路、橋樑，儲備軍糧，拜馬援為伏波將軍，率漢兵八千，合交趾兵共兩萬軍隊和兩千艘車船，“緣海而進，隨山刊道千餘里”，逢山開道，遇水架橋，長途跋涉一千多里，水陸並進，南征交趾。

馬援行軍所過之處，輒為郡縣修治城郭，穿渠灌溉，以利其民，並頒行漢律。據嘉慶《雷州府志》載：“東漢建武中，伏波將軍馬援築徐聞城。”（雷州半島漢置徐聞，唐改雷州。）為了加強防衛，馬援將軍曾修築古城。當時城南門外“兵馬雲集”，因而飲用之水困難。馬刨地得泉，後稱“馬跑泉”，如今遺址猶在，可為佐證。馬援行軍中不忘教導後輩，兵至雷州半島西海岸馬流村時，曾給兄子嚴、敦寫信、教誨他們如何做人。明末詩人屈大均《雷陽曲》有“馬流遺子姓，交趾奉旌旗”的詩句。

馬援大軍大破交趾二徵，斬殺了數千個頑固不化的叛亂份子，招降了臨陣倒戈的一萬餘人。交趾叛軍四分五裂，二徵率領一部竄逃。傳說叛兵退入雷州半島，漢軍窮追。兩軍在雷州半島西海岸對壘，漢軍假裝敗退，往身上塗上豬血牛血詐死。叛軍中計全面反撲，結果“死屍”復活，大敗叛軍。叛軍丟盔棄甲，坐船向北部灣海邊竄逃，漢軍只能望洋興嘆。馬援急中生智，命人沿海岸布上“金蛙戰鼓”鳴擊，霎時間，北部灣上空戰鼓雷鳴。叛兵在大霧中草木皆兵，誤以為被漢軍包圍了，鬼使神差將船隻駛回雷州半島岸邊。眼看叛軍就成為甕中之鱉，卻碰上了潮汛，海潮瞬時不斷上漲。馬援將軍情急之下喝退海潮，殲滅叛軍。直至今天，在雷州半島，東海岸，海潮每天漲退兩次；而在西海岸，海潮每天只漲落一次。據說，這就是因為伏波將軍喝令西海退潮的緣故。如今在雷州半島西海岸的草潭長洪角頭沙一帶，還有“馬蹄井”的殘跡。據說是馬援的戰馬踏出一股清泉，形成了一口水井。

據古志載，嶺南“上霧下潦，飛鴦墜水”，瘴霧瀰漫，霧瘴氣瀰漫，加上暑熱蒸人，天空中的飛鳥有時竟會突然中暑墜水而死。至今，雷州半島還流傳著這樣的故事，馬援率部南征時，兵至雷州半島，將士水土不服，多染時疫，由於氣候惡劣，馬援的軍隊經常吃一種名叫薏苡的果實增強體質，避免瘴氣的侵襲。馬援班師回朝時，將薏苡滿滿裝了一車帶回去種植。京城裡的人從沒看到過薏苡的果實，還以為馬援從南方帶回了奇珍異寶。馬援死後，有人上書誹謗他當初將一車珍寶從南方運到京城。光武帝勃然大怒，把封馬援為新息侯的大印都追收回去了。據《後漢書•馬援傳》載：“南方薏苡實大。援欲以為種，軍還，載之一車。……及卒後，有上書譖之者，以為前所載還，皆明珠文犀。”後來有“薏苡明珠”的成語，薏米被進讒的人說成了明珠，比喻被人誣衊，蒙受冤屈。宋人蘇軾曾賦詩嘆曰：“伏波飲薏苡，御瘴傳神良，能除五溪毒，不救讒言傷。”至今徐聞一帶仍流傳薏米的傳說。

為紀念伏波將軍馬援平息叛亂，造福雷州，雷民感恩戴德立祠紀念。至今雷州、徐聞、遂溪等地，亦存伏波廟。宋宣和二年（1204年），飽受金兵騷擾之苦的宋徽宗期待朝廷能有馬援一樣的猛將，封馬援為忠顯佑順王。法封文有“雷州忠顯王……遺愛猶存，廟食千年，英風尚凜”。

馬援這次南征，其功不次於前輩路博德。昔伏波將軍路博德平定嶺南，開置七郡，才被封數百戶，而馬援就被封三千戶。馬援在雷州半島屯軍，對於加強雷州半島與中原聯絡，以及雷州半島經濟、文化、技術發展都起到促進作用。