銀杏為雌雄異株植物，鑑別雌雄株的方法有：(一)形態觀察 從植株、枝、葉、花等外部形態觀察，加以區別。 (二)酶譜鑑別 以葉片為試驗材料，用酶學方法，測定其過氧化物酶同工酶。結果表明，雌株酶帶有5條，雄株只有2條。雌株酶帶的遷移距離比較均勻。第一和第五酶帶顯色需5分鐘，著色較淺，說明同工酶組分活性比較弱，第二、三、四條酶帶著色和顯色時間均趨於中等。

雄株第一條酶帶著色深、顯色快，是一條特異酶帶，活性較強，Rf值相當於雌株的第三、第四條酶帶之間。說明，從分子水平上可以看出雌雄株之間的趨異現象。(三)酶活性鑑別 用已開花的銀杏樹葉片為試驗材料，用滴定方法計算出過氧化氫酶的活性在500(過氧化氫毫克分子數／克鮮重分鐘)以上為雄株，在300以下為雌株，說明雄性銀杏的過氧化氫酶活性為雌性銀杏的1．4倍以上，活性強，生命活動旺盛。

(四)化學鑑別 銀杏不同性別對各類化學藥劑均有不同的反應。在銀杏生長旺季採集健壯新鮮葉片，將葉柄分別浸泡在0．4％，0．5％和1％重鉻酸鉀溶液；1％、3％和5％硫酸銅，5％硫酸鋅，3％、5％和7％氯化鉀，5％和8％的2，2－二氯丙酸，1％2，4?D等溶液中，分別處理6、8、10和24小時，進行觀察，結果是雌性銀杏葉片對各類化學藥劑的反應均比雄性顯著。

當用長約20釐米帶有15～20片葉的銀杏枝條在自來水中浸泡兩天，然後，換置在0．03％氯酸鉀溶液中，置於暗室兩天，再換置清水並放在不很強烈的Sunny下經過一個星期的觀察，結果是雌性葉片已凋落，雄性葉片仍很青綠，數天後才逐漸枯凋，說明雌性的耐藥力差。

(五)鏡檢葉柄 據日本阪本榮作先生研究，雌性銀杏葉柄下方維管束周圍有油狀空隙，雄性未見油狀空隙。