微生物菌肥的商品形式主要有固體和液體兩種 。針對不同作物施用方式也有不同，不同 的耕作方式在施肥中也應該注意不同的使用方式。接下來我就說說不同作物施用生物菌肥應該注意的事項。
大田作物一般一次性施足固態生物有機肥做基肥，可以根據產量和種植密度的不同可在100~1000㎏/畝之間調整。基肥施的比較省的可在不同生長期追施一些化肥。例如在分櫱期、揚花期、灌漿期補充氮肥。在播種時可以用液體生物肥拌種，在移栽時也可以用生物肥蘸根，再栽入大田。這些措施都是為了使經濟效益相對低一些的大田作物節省成本。
針對經濟效益相對較高的大棚作物、果樹、蔬菜、茶葉等就應該根據不同的情況而定。例如：果樹可沿樹冠滴水線開溝施足基肥後覆土，每畝施肥量在一定範圍內產量隨著施肥量而遞增。
對於整個生長期相對穩定的番茄、黃瓜、茄子、芹菜、大蔥等也可一次施足基肥，為了提升直接生食型瓜果的口味，可在後期補少量生物鉀，也可在瓜果開花前期、幼果出現期噴施液體生物肥可以減少落果，茄子、辣椒就是如此，同樣的措施用於西瓜、草莓還有增加甜味的效果。
大棚蔬菜不宜一次施大量的基肥，一次性施入太多的化學氮肥，蔬菜存在硝酸鹽含量偏高的可能，分多次少施固態生物有機肥為最佳選擇。
對於生育期比較短的如菠菜、生菜等型別蔬菜施用生物菌肥，一定要注意必須施用充分發酵的，並且只需要施用一次就有好的品質和產量。液態微生物肥往往與灌溉同時施用，由於澆水量增加，化肥用量減少，可以減少大棚土壤鹽漬化的效果。
對於整個生長期耗肥明顯的露地栽培的結球甘藍（包包菜）、大白菜等，應施用發酵充分的生物有機肥。根據長勢注意後期是否追加一定的速效氮肥，對產量有明顯的效果。
生物有機肥作基肥用於果樹與化肥相比，普遍具有提高口感和增加甜度的效果，特別是花期噴施業態矽酸鹽菌劑可顯著減少落果，增加產量，也增加甜度。連年長期在果園裡施用充足的生物菌肥，還可使果樹大小年的現象不再明顯，梨樹連續3~5年施用矽酸鹽菌劑，在不用或少用農藥的情況下病害也會減少。
對於次生代謝物含量多少影響茶葉、中藥材等品質的農作物，施用生物菌肥會有明顯的效果。施用化肥的茶葉、中藥材產量可能很高，但品質和藥效不如施用生物菌肥的好。生物菌肥可增加影響茶葉品質的次生代謝物的增加，增加中藥材療效的成分增加。
微生物菌肥的商品形式主要有固體和液體兩種 。針對不同作物施用方式也有不同，不同 的耕作方式在施肥中也應該注意不同的使用方式。接下來我就說說不同作物施用生物菌肥應該注意的事項。
大田作物一般一次性施足固態生物有機肥做基肥，可以根據產量和種植密度的不同可在100~1000㎏/畝之間調整。基肥施的比較省的可在不同生長期追施一些化肥。例如在分櫱期、揚花期、灌漿期補充氮肥。在播種時可以用液體生物肥拌種，在移栽時也可以用生物肥蘸根，再栽入大田。這些措施都是為了使經濟效益相對低一些的大田作物節省成本。
針對經濟效益相對較高的大棚作物、果樹、蔬菜、茶葉等就應該根據不同的情況而定。例如：果樹可沿樹冠滴水線開溝施足基肥後覆土，每畝施肥量在一定範圍內產量隨著施肥量而遞增。
對於整個生長期相對穩定的番茄、黃瓜、茄子、芹菜、大蔥等也可一次施足基肥，為了提升直接生食型瓜果的口味，可在後期補少量生物鉀，也可在瓜果開花前期、幼果出現期噴施液體生物肥可以減少落果，茄子、辣椒就是如此，同樣的措施用於西瓜、草莓還有增加甜味的效果。
大棚蔬菜不宜一次施大量的基肥，一次性施入太多的化學氮肥，蔬菜存在硝酸鹽含量偏高的可能，分多次少施固態生物有機肥為最佳選擇。
對於生育期比較短的如菠菜、生菜等型別蔬菜施用生物菌肥，一定要注意必須施用充分發酵的，並且只需要施用一次就有好的品質和產量。液態微生物肥往往與灌溉同時施用，由於澆水量增加，化肥用量減少，可以減少大棚土壤鹽漬化的效果。
對於整個生長期耗肥明顯的露地栽培的結球甘藍（包包菜）、大白菜等，應施用發酵充分的生物有機肥。根據長勢注意後期是否追加一定的速效氮肥，對產量有明顯的效果。
生物有機肥作基肥用於果樹與化肥相比，普遍具有提高口感和增加甜度的效果，特別是花期噴施業態矽酸鹽菌劑可顯著減少落果，增加產量，也增加甜度。連年長期在果園裡施用充足的生物菌肥，還可使果樹大小年的現象不再明顯，梨樹連續3~5年施用矽酸鹽菌劑，在不用或少用農藥的情況下病害也會減少。
對於次生代謝物含量多少影響茶葉、中藥材等品質的農作物，施用生物菌肥會有明顯的效果。施用化肥的茶葉、中藥材產量可能很高，但品質和藥效不如施用生物菌肥的好。生物菌肥可增加影響茶葉品質的次生代謝物的增加，增加中藥材療效的成分增加。