畜禽汙染防治應遵循以下五大原則。(1)減量化原則鑑於中國畜禽養殖業迅速發展、汙染排放大的特點，在畜禽汙染防治上首先應該強調減量化原則，即透過養殖結構調整及開展清潔生產減少畜禽糞汙的產生量。可從養殖生產工藝改進人手，採用“清汙分流，糞尿分離”，如透過雨汙分離、乾溼分離、飲排分離等手段減少汙染物的數量。採用用水量少的幹清糞工藝，減少汙染物的排放總量，降低汙水中的汙染物濃度，從而降低處理難度及處理成本，同時也可使固體糞汙的肥效得到最大限度地儲存和處理利用。也可以從飼餵的角度出發，透過改進飼料加工方法或在飼料中新增蛋白酶等手段，提高畜禽對飼料營養物質的消化率和利用率。(2)資源化原則資源化利用是糞便汙染防治的核心內容。畜禽糞便同許多工業汙染源不同，畜禽糞便是一種有價值的資源，經過處理後可作為肥料、飼料、燃料等，具有很大的經濟價值。畜禽糞便含有農作物所必需的氮、磷、鉀等多種營養成分，是很好的土壤肥料來源。未被利用的畜禽糞便大量流失，不僅汙染了環境，而且造成了資源的巨大浪費，同時也降低了土壤肥力和農產品質量。利用好畜禽糞便資源可以提高農產品質量，增加產品競爭力。所以對畜禽汙染防治要提倡畜禽糞便資源化和綜合利用的方法。(3)無害化原則畜禽糞便中含有大量的病原體，會給人、畜帶來潛在的危害。所以在利用之前要進行畜禽糞便和汙水無害化處理，使其在利用中不會對牲畜產生不良影響，不會對作物產生不利因素，排放的汙水和糞便不會對地下水和地表水產生汙染等。(4)生態化原則根據物質迴圈、能量流動的生態學基本原理，將畜牧業迴歸農村，促進種植業與畜牧業的緊密結合，以農養牧，以牧促農，實現生態系統的良性迴圈，是中國解決畜禽養殖問題的主要途徑，也是中國實現農業可持續發展的必經之路。將糞便堆肥生產出有機肥，施用有機肥可提高土壤有機質及肥力，改造土壤結構，並能維持農作物長期優質高產，同時實現生態系統的良性迴圈。(5)產業化原則畜禽糞便收集和處理可採用產業化和專業化模式，吸引社會各界投資，這種社會化服務是社會發展的趨勢，固體糞便堆肥、汙水處理產業化不僅可以為畜禽養殖場解決汙染問題，而且可為綠色食品生產提供可靠的物質保障，並通過出售有機肥提高經濟效益，同時也可以為農民創造就業機會。
畜禽汙染防治應遵循以下五大原則。(1)減量化原則鑑於中國畜禽養殖業迅速發展、汙染排放大的特點，在畜禽汙染防治上首先應該強調減量化原則，即透過養殖結構調整及開展清潔生產減少畜禽糞汙的產生量。可從養殖生產工藝改進人手，採用“清汙分流，糞尿分離”，如透過雨汙分離、乾溼分離、飲排分離等手段減少汙染物的數量。採用用水量少的幹清糞工藝，減少汙染物的排放總量，降低汙水中的汙染物濃度，從而降低處理難度及處理成本，同時也可使固體糞汙的肥效得到最大限度地儲存和處理利用。也可以從飼餵的角度出發，透過改進飼料加工方法或在飼料中新增蛋白酶等手段，提高畜禽對飼料營養物質的消化率和利用率。(2)資源化原則資源化利用是糞便汙染防治的核心內容。畜禽糞便同許多工業汙染源不同，畜禽糞便是一種有價值的資源，經過處理後可作為肥料、飼料、燃料等，具有很大的經濟價值。畜禽糞便含有農作物所必需的氮、磷、鉀等多種營養成分，是很好的土壤肥料來源。未被利用的畜禽糞便大量流失，不僅汙染了環境，而且造成了資源的巨大浪費，同時也降低了土壤肥力和農產品質量。利用好畜禽糞便資源可以提高農產品質量，增加產品競爭力。所以對畜禽汙染防治要提倡畜禽糞便資源化和綜合利用的方法。(3)無害化原則畜禽糞便中含有大量的病原體，會給人、畜帶來潛在的危害。所以在利用之前要進行畜禽糞便和汙水無害化處理，使其在利用中不會對牲畜產生不良影響，不會對作物產生不利因素，排放的汙水和糞便不會對地下水和地表水產生汙染等。(4)生態化原則根據物質迴圈、能量流動的生態學基本原理，將畜牧業迴歸農村，促進種植業與畜牧業的緊密結合，以農養牧，以牧促農，實現生態系統的良性迴圈，是中國解決畜禽養殖問題的主要途徑，也是中國實現農業可持續發展的必經之路。將糞便堆肥生產出有機肥，施用有機肥可提高土壤有機質及肥力，改造土壤結構，並能維持農作物長期優質高產，同時實現生態系統的良性迴圈。(5)產業化原則畜禽糞便收集和處理可採用產業化和專業化模式，吸引社會各界投資，這種社會化服務是社會發展的趨勢，固體糞便堆肥、汙水處理產業化不僅可以為畜禽養殖場解決汙染問題，而且可為綠色食品生產提供可靠的物質保障，並通過出售有機肥提高經濟效益，同時也可以為農民創造就業機會。