據黃氏宇宙新論，原子不是實體物質，它是由電磁波粒子場組成，由行星內電磁能合成，故含電磁能，是個能量球，球內有球，層層套疊，與球形宇宙同源同理，電子球，中子球，質子球裡有夸克球，到底為弦，弦為動態電磁波，是維持原子結構的主力，行星、物質、生物均為類似空球的小單位組成，原子內多個球，太空n個球同理。

原子沒有真正的半徑，電子不會繞質子旋轉。我們所謂的原子大小已經與電子波函式的穿透性密切相關，因此與原子之間的最小距離具有相同的數量級。

=但在實體中，所有原子核之間的距離大致相同，在星系中，恆星的密度從中間到邊緣不同，並不是由各個恆星之間的力決定的，當然也不是由使它們分開的排斥力決定的。

萬物皆是空，此言果然非虛。經過科學家們的驗證，物體都是由分子、原子等構成，分子和原子內部有99.996%都是中空。

不同物質的原子間隙不同。氦（He）原子的平均距離為2×He的範德華半徑（兩個氦原子距離的一半）：2×149.9=299.8ρm。

計算公式為

分子裡的原子距離可以用公式計算，也可以透過測量來估算。

測得氫（H）原子的半徑d=10奈米，鐳（Ra）的原子半徑有98奈米。

氫氣原子的距離是直徑的1/2，就是10奈米;鐳的原子間的距離是半徑的兩倍，是196奈米。