我認為死在朱棣手裡了。

朱棣殺了朱允文，對外放出訊息他失蹤了。這是最省事的做法。否則，靖難之後，朱允文的處理就很麻煩。殺了吧，名聲不好，畢竟造反旗號是清君側，總不好把君也一起清了吧。不殺吧，還得折騰禪讓的事，要是朱允文骨頭硬點兒，一時搞不定到頭來還得殺，就算搞定了，那就像個不定時炸彈埋在身邊還是麻煩。

現在好了，殺了朱允文，然後說他跑了，再裝模作樣找一下。沒找著啊，怎麼辦呢？國不可一日無君，為了大明的江山社稷，我燕王只能接位了。而朱允文連太祖的基業都能丟棄，實是辜負了太祖的厚望。既是如此，建文的年號也一併廢掉吧。自此，大明王朝第二個皇帝便是名正言順的朱棣。這一切，太順理成章了。

朱允炆極大機率是死了。因為就當時那種環境，燕王入城之後，皇宮裡焚起大火，後來太監說燒死的是建文帝和皇后還有大兒子，但是屍體已經燒焦了無法辨認了，所以民間才會流傳出建文帝金蟬脫殼，其實並沒有燒死的說法。但是這個是很難成立的，主要是以下幾個原因：

1、燕王作為歷史上唯一一個造反成功的藩王，哪怕他成功了加上政績很不錯也不能抹去他篡位的事實，所以朱允炆一天不死，他就一天難安。所以朱允炆應該是燒死了，或者被他抓住秘密處死了，因為他造反旗號是清君側，總不能把君也給削了吧，所以秘密弄死，然後假模假樣的出去尋找，掩天下人的眼睛，這個可能性是很大的

2、我們假設建文帝並沒有死，而是逃出去了，那麼他最大可能應該是跑去雲南找沐家軍，然後東山再起平叛。因為他才是正統皇位繼承人，如果東山再起其他地方是會擁戴的，這樣燕王畢竟是篡位在輿論是很被動的。但是並沒有發生這樣的事情，所以說他應該是沒逃出來，如果說他看破紅塵不報仇選擇出家，那麼有多少人可以做到這個呢？