2006年，萬寧市轄12個鎮：萬城鎮、龍滾鎮、山根鎮、和樂鎮、後安鎮、大茂鎮、東澳鎮、禮紀鎮、長豐鎮、北大鎮、南橋鎮、三更羅鎮。境內有5個國有農場、1個華僑農場：國營東興農場、國營東和農場、國營東嶺農場、國營南林農場、國營新中農場、興隆華僑農場。　　萬城鎮　轄10個社群、32個行政村：鎮南社群、朝陽社群、裕光社群、西門社群、仁里社區、新海社群、萬隆社群、光明社群、番村社群、豐園社群、永範村、東方村、聯山村、新興村、車頭村、益民村、樂山村、月塘村、長星村、東星村、周家莊村、濱湖村、裕民村、南山村、三聯村、紅榮村、賓王村、水邊村、紅光村、紅山村、聯星村、大芒村、流溪村、保定村、烏場村、春園村、集莊村、南島村、南星村、北坡村、新莊村、群莊村。　　龍滾鎮　轄17個行政村：新市村、鳳園村、福塘村、文曲村、治坡村、端熙村、文淵村、多格村、坡羅村、和順村、龍樓村、樂內村、排園村、河頭村、水坡村、上城村、田頭村。　　和樂鎮　轄22個行政村：和樂村、樂群村、發興村、泗水村、封浩村、紅旗村、勤賽村、大山村、六連村、羅萬村、新田村、西坡村、琉川村、芳市村、水椰村、聯豐村、英文村、英豪村、鹽墩村、港下村、五星村、港上村。　　後安鎮　轄23個行政村：吳村村、曲衝村、坡仔村、潮港村、曙光村、安坡村、白石村、龍田村、金星村、壩頭村、六合村、多蔭村、群興村、樂來村、雨壇村、七星村、龍唇村、六底村、橋頭村、坡頭村、紅聯村、茶山村、後安村。　　大茂鎮　轄11個行政村：聯益村、袁水村、聯民村、龍尾村、群星村、群樂村、大聯村、紅石村、群愛村、紅莊村、聯光村。　　東澳鎮　轄19個行政村：島光村、龍保村、新華村、東澳村、分洪村、四維村、新村村、集豐村、新群村、藍田村、明豐村、大造村、裕後村、明燈村、風嶺村、龍山村、樂南村、明星村、鏡門村。　　禮紀鎮　轄15個行政村：紅群村、合興村、合豐村、太陽村、農聯村、群坡村、禮明村、三星村、貢舉村、橋海村、蓮花村、竹林村、石梅村、田新村、茄新村。　　長豐鎮　轄12個行政村：長豐村、長安村、福田村、黃山村、南聯村、七甲村、大洲村、邊肚村、牛漏村、黃加村、山架村、馬坡村。　　山根鎮　轄9個行政村：立嶺村、扶堤村、多扶村、華明村、排溪村、水央堀村、大石嶺村、山根村、橫山村。　　北大鎮　轄19個行政村：中興村、文才竹村、下三村、映田村、尖嶺村、北大村、六角嶺村、大發村、大堀村、民豐村、聯群村、軍田村、堅西村、軍山村、山牛田村、豐丹村、紅星村、內羅村、堅東村。　　南橋鎮　轄7個行政村：小管村、橋南村、南橋村、橋中村、橋北村、高龍村、新坡村。　　三更羅鎮　轄11個行政村：內嶺村、頭村村、二村村、上溪村、加潤村、加苗村、加朝村、石盤村、南平村、石福村、田堆村。　　以上根據《海南省行政區劃程式碼（2006年4月）》整理。