明初朝廷建章立制，頒行法規，採取一系列恢復和發展農業生產的措施，明代畜牧業得以恢復和逐步振興。 朝廷確立了一套系統嚴密的畜牧業管理體制，制定了詳細嚴格的畜牧律令規定，從而在制度上保證了明代畜牧業的快速恢復和發展。 明代朝廷曾命令南京、太平、鎮江、廬山、鳳陽、揚州、滁州等六府兩州的農民養馬，並以馬代賦，官督民牧。在西北及各邊要省區設立監、苑、衛所，劃定草場範圍，發展軍隊養馬。在東西北各少數民族地區實行茶馬互市，設立茶馬司以管其事。 明初，養馬業由於連年戰爭的破壞而亟待振興。明朝廷以馬政建設為重點，嚴格官馬管理制度，建立健全了管理機構。在明代前期，養馬業發展日益興盛，規模龐大，技術進步，牧養髮達，達到頂峰。 明初耕牛十分缺乏，為了發展耕牛，朝廷對耕牛的保護和繁殖很重視，頒佈了獎勵繁殖、禁止擠奶等條例。 事實上，這種政策是消極的，並不能促進耕牛的發展。明憲宗時設定蕃牧所，掌管獎勵養牛事務，曾多次購買大批耕牛分給農民和屯墾士兵。 明代的養豬業、養羊業及家禽業也獲得了一定發展。畜禽品種繁多且各具特色，豬、雞、鴨、鵝等家畜及家禽飼養業在明代民間獲得了進一步發展，養殖技術也有很大提高。 明代畜牧獸醫技術的發展進步顯著。經驗獸醫學發展迅速，家畜診療技術成就突出，達到新的高峰。畜牧獸醫技術的進步，促進了畜牧業的發展。 為了保護好畜群，掌管養馬的機構苑馬寺曾多次翻刻《司牧安驥集》和《痊驥通玄論》等古獸醫書，並編纂《類方馬經》、《馬書》、《牛書》等。著名獸醫喻本元、喻本亨兄弟合著了《元亨療馬集》、《元亨療牛集》。