投資者可以透過兩種方式購買ETF：可以按照當天的基金淨值向基金管理者購買（和普通的開放式共同基金一樣）;也可以在證券市場上直接從其他投資者那裡購買，購買的價格由買賣雙方共同決定，這個價格往往與基金當時的淨值有一定差距（和普通的封閉式基金一樣）。

由於ETF在二級市場交易，受供需關係的影響，會造成ETF市場交易價格與其淨值之間產生偏差。此外，ETF收取管理費、付出交易成本以及分派股息紅利，也會造成兩者間一定的偏差。當這種偏差較大時，投資者就可以利用申購贖回機制進行套利交易。

套利機制給投資者提供了一種新的盈利機會，但其最大的作用其實在於，透過套利者的申購贖回交易，消除ETF交易價格與其淨值之間的偏差，使ETF交易價始終與指數保持一致。

必須強調的是，由於套利交易需要操作技巧和強大的技術工具，且一兩個機構的一次套利交易就消除了套利的機會，因此，對散戶而言，套利交易並不合適。上證50ETF上市後的申購贖回的起點是100萬份，也決定了中小散戶無法參與套利。

從套利機會出現的原因可以把ETF套利分成多類：一二級市場間套利，期貨現貨市場間套利，不同盯住指數間套利等。

一二級市場間套利

期貨現貨市場間套利

期貨現貨市場間套利是利用指數期貨和ETF（代表一籃子股票現貨）之間偏差賺取利潤。如以滬深300指數期貨為交易標的的套利。市場中有一些投資者，會利用期貨現貨市場與滬深300指數高度同步、偶有偏差的ETF來套利。

不同盯住指數間套利

如果投資者判斷雖然市場的整體方向向上，但是盯住A行業的ETF前景比盯住B行業的更好，投資者就可以透過賣出盯住B行業ETF，同時買入盯住A行業ETF，從而獲得兩支ETF之間的差價。

另外一種是ETF和盯住指數之間的套利。

有些基金公司採用代表性複製法組建ETF，透過優選部分成分股複製指數來降低交易成本。選擇使用代表性複製法的ETF沒有完全複製盯住指數中的成分證券，因此在ETF和盯住的指數之間不時存在變動方向和變動幅度的不同步。