1、二者包含的範圍不同：

工程竣工結算是指按工程進度、施工合同、施工監理情況辦理的工程價款結算，以及根據工程實施過程中發生的超出施工合同範圍的工程變更情況，調整施工圖預算價格，確定工程專案最終結算價格。它分為單位工程竣工結算、單項工程竣工結算和建設專案竣工總結算。竣工結算工程價款等於合同價款加上施工過程中合同價款調整數額減去預付及已結算的工程價款再減去保脩金。

竣工決算包括從籌集到竣工投產全過程的全部實際費用，即包括建築工程費、安裝工程費、裝置工器具購置費用及預備費和投資方向調解稅等費用。按照財政部、國家發改委和建設部的有關檔案規定，竣工決算是由竣工財務決算說明書、竣工財務決算報表、工程竣工圖和工程竣工造價對比分析四部分組成。前兩部分又稱建設專案竣工財務決算，是竣工決算的核心內容。

2、編制人和審查人不同:

單位工程竣工結算由承包人編制，發包人審查；實行總承包的工程，由具體承包人編制，在總承包人審查的基礎上，發包人審查。單項工程竣工結算或建設專案竣工總結算由總（承）包人編制，發包人可直接審查，也可以委託具有相應資質的工程造價諮詢機構進行審查。

建設工程竣工決算的檔案，由建設單位負責組織人員編寫，上報主管部門審查，同時抄送有關設計單位。大中型建設專案的竣工決算還應抄送財政部、建設銀行總行和省、市、自治區的財政局和建設銀行分行各一份。

3、二者的目標不同

結算是在施工完成已經竣工後編制的，反映的是基本建設工程的實際造價。

決算是竣工驗收報告的重要組成部分，是正確核算新增固定資產價值，考核分析投資效果，建立健全經濟責任的依據，是反應建設專案實際造價和投資效果的檔案。竣工決算要正確核定新增固定資產價值，考核投資效果。