哲學,神學,無神論都在《駭客帝國》裡有濃重的表現.諾斯替教的教徒也會注意到很多相關的主題.還有很多內容涉及印度教,佛教,道教和基督教,還蘊含啟蒙,涅盤,重生的概念.對印度教和佛教的深度涉及包括自由意志對抗命運,還在電影的配樂中使用印度教的頌歌,理念,虛幻(Maya),因果報應(Karma)和自然存在的多種觀點.<駭客帝國>以很多方式解析真實,超現實,還有人的觀點是,實質的,物理的世界才是虛幻. 　　一些基督教自由主義者說我們正生活在這樣的世界,離開這個世界的方法就是被教化,啟蒙.他們相信達到啟蒙的人有亞伯拉罕(相傳為希伯來人的始祖),摩西(《聖經》故事中猶太人古代領袖),施洗約翰,耶穌和穆罕默德(伊斯蘭教創始人).他們認為電影中Neo,Morpheus和Cypher對應聖經新約中的耶穌,施洗約翰和猶大.這些基督教自由主義者相信駭客帝國和現實唯一的區別是,外部世界應該是天堂而不是電影中描述的黑暗的世界. 　　現在有許多書和網站探討駭客帝國哲學.其中最主要的探討是這個問題:我的世界是真實的還是虛擬的?這個問題也因為其他電影而提出,比如eXistenZ和The Thirteenth Floor(都和《駭客帝國》同年發行,但在票房和受注意度都不及《駭客帝國》).還有相似的電影,The Truman Show(楚門的世界)和Abre los ojos(翻拍為Vanilla Sky).這個學說還被哲學家Nick Bostrom升級,寫成（你生活在一個電腦世界嗎?） 　　《駭客帝國》以相似的文學精度跟隨