GMP車間為了防止交叉汙染，清掃淨化車間設施的工具均應按產品特點、工藝要求、空氣潔淨度級別的不同分別專用，垃圾裝入防塵袋中拿出。GMP車間的清掃必須在上下班前、生產工藝操作結束後進行；清掃要在淨化車間空調系統執行中進行；清掃工作結束後，淨化空調系統要繼續執行，直到恢復規定的潔淨級別為止，開機執行時間一般不短於該GMP車間的自淨時間。使用的消毒劑要定期更換，以防止微生物產生耐藥性。大的物件搬進車間時，先要在一般環境中用真空吸塵器進行初步的吸塵淨化，然後再準進入淨化車間內，用潔淨室真空吸塵器或擦拭方法進一步處理；在GMP車間淨化系統停止執行期間，不允許把大的物件搬進淨化車間。

GMP車間要進行消毒滅菌，可採用乾熱滅菌、溼熱滅菌、輻射滅菌、氣體滅菌、消毒劑消毒。現介紹輻射滅菌，主要適用於熱敏性物質或產品的滅菌，但必須證明該射線對產品無害。紫外線輻射消毒具有一定的殺菌效力，但在使用中存在不少問題，紫外線燈管的強度、潔淨度、環境溼度和距離等諸多因素都會影響消毒效果，另外其消毒效果不高，不適用於有人員活動的空間和有氣流流動的空間，這些原因使紫外線消毒不被國外GMP接受。紫外線滅菌對暴露物件需長時間照射，對於室內輻照，當要求滅菌率達到99%時，一般細菌的照射劑量約為10000-30000uw.S/cm。一支距地面2m的15W的紫外燈，其照射強度約為8uw/cm，則需照射1h左右才行，而在這1h之內被照射場所不能進入，否則對人的面板細胞也有損壞，有明顯的致癌的作用。