多年沒從事此項工作，根據個人所學及認識，簡要總結如下，僅供參考：

　　1、二者生態層級不同。商業生態系統建立在企業生態位分離的基礎之上，也就是說，企業生態系統是商業生態系統的前提和基礎，政治經濟學稱：企業生態系統為基礎因子，商業生態系統為上層建築。

　　2、二者組成單元不同。商業生態系統由生產者單元集合、消費者單元集合、分解者單元集合和市場單元集合組成；而生態系統的最小單位至少有一個生產者單元(企業)，一個消費者單元，一個分解者單元和一個產品市場單元，一個要素市場單元，一個廢品市場單元。

　　3、二者複雜程度不同。相對而言，商業生態系統更為複雜，更強調系統成員的多樣性用以維持自身的穩定，舉個例子，如果說企業生態系統像草甸生態系統那樣脆弱和單純，商業生態系統就像熱帶雨林一樣複雜且具有極強的抗逆性及自我恢復能力。

　　4、二者發展趨勢不同。商業生態系統屬於後期綜合性生態系統，加之新興的虛擬商業生態系統的出現具有模糊的邊界，故其發展呈現網路狀結構，這種發展結構也可以更有效地適應市場需求，能迅速作出反應，適應性更強；而企業生態系統較為傳統的生產模式，可塑性較小，其發展始終保持為樹狀結構模式，對市場反應慢，尤其是技術進步可導致其被迅速淘汰。

　　5、二者主導性不同。商業生態系統的關鍵成員對於保持系統的健康起著非常重要的作用，該系統中關鍵企業對於系統抵抗外界的干擾起著非常重要的作用，因為它所支援的多樣性在遇到外界干擾時充當了緩衝器的作用，從而保護了系統的結構、生產力、穩定性和多樣性；與此對應，企業生態系統中，抗干擾性的主要作用則只能來自於企業自身。

　　個人愚見，總結得不全面，也不一定全對，供參考用。