近親結婚，後代的死亡率高，並常出現痴呆、畸形兒和遺傳病患者。這是由於近親結婚的夫婦，從共同祖先獲得了較多的相同基因，容易使對生存不利的隱性有害基因在後代中相遇（即純合），因而容易出生素質低劣的孩子。據世界衛生組織估計，人群中每個人約攜帶5～6種隱性遺傳病的致病基因。在隨機婚配（非近親婚配）時，由於夫婦兩人無血緣關係，相同的基因很少，他們所攜帶的隱性致病基因不同，因而不易形成隱性致病基因的純合體（患者）。而在近親結婚時，夫婦兩人攜帶相同的隱性致病基因的可能性很大，容易在子代相遇，而使後代遺傳病的發病率升高。下表列舉了幾種隱性遺傳病，表明近親結婚後代的發病率是非近親婚配後代發病率的數倍。　　此外，高血壓、精神分裂症、先天性心臟病、無腦兒、癲癇等多基因遺傳病，在近親結婚所生子女的發病率也明顯高於非近親結婚。為此，許多國家透過法律禁止近親結婚。中國婚姻法第六條規定：“直系血親和三代以內的旁系血親禁止結婚。”直系血親指父母與子女，祖父母與孫子女，外祖父母與外孫子女之間的關係。三代以內的旁系血親包括同胞、叔（伯、姑）與侄（女）、舅（姨）與外甥（女）之間，表兄弟（妹）、堂兄弟（妹）之間的關係。據調查，近親結婚率，城市約為0.7%，農村1.2%，有的高達2.8%，某些山區農村、海島由於交通不發達，近親婚配更高，因而遺傳性疾病就較多。

影響幾代人不知道，但身邊有例子，我有親戚就是近親結婚，孩子健康成長，後來做了個手術，傷口不能癒合，總是發炎，連學業都耽誤了，做的手術不大，可是怪遭罪的