動力系統

雖然還是同一顆直列水冷四缸發動機，但是在調校上有區別，CBR650R紅線轉速區域比CBR650F提高了1000轉，最大功率也提升到了70kW/12000轉，相對於國內版本的CBR650F的只有56kW/9000轉的最大功率，提升還是很明顯的。

配置情況如行走系統

CBR650R前制動採用了日信品牌的對向四活塞輻射卡鉗，搭配雙直徑310mm雙浮動碟盤，前減震為內徑41mm的昭和品牌倒立式減震器，行程120mm。後減震為獨立預載可調減震，行程為128mm。CBR650F就顯得平淡多了，還是以夠用為原則，例如前制動為傳統軸向式日信卡鉗搭配雙碟制動盤，前叉為傳統正立式。

為了配合增強的動力，提升操控安全性，CBR650R還配置了本田扭力控制系統HSTC，以馴服這匹烈馬，還搭載了滑動離合器，高速時降擋後輪不會有劇烈搖擺，有效提升安全效能。ABS？這個自然也有，而CBR650F就寒酸多了，只有ABS這個基本配置。另外CBR650R車架做了減重處理，重量更輕，強度卻不遜色於CBR650F，重量減輕了6kg，不得不說這個減重效果是非常顯著的。

坐姿不同。

CBR650F手把更高，更靠近騎手，因而坐姿更舒適，更接近街車的坐姿。而CBR650R顯得更加具有攻擊性，騎手坐上去之後，騎姿更加戰鬥，因為手把前移了大約30mm，並且還將腳踏後移，營造更加低趴的坐姿，有利於騎手在彎道當中更迅速的轉移重心，也更有利於減少風阻。不過，舒適性上確實欠佳沒有CBR650F舒適。