酸雨對水生生物有很大危害，它使許多河湖水質酸化，導致許多對酸敏感的水生生物種群滅絕。當湖泊、河水的pH值降到5以下時，魚、蝦類的生長繁殖便受到嚴重影響，加之湖河底泥中有毒金屬遇酸溶解，更加速了這些水生生物群的死亡。歐洲、北美的許多湖泊因酸雨危害已經變為死湖。對魚類和水生生物的危害:在土壤鹼飽和度低的地區或土壤層薄的岩石地區，酸性雨水降落地面後得不到中和，可使土壤、湖泊、河流酸化。根據記載，酸性的水體中增加濃度的金屬有鋁等。在酸化的湖泊等中，鋁可能對魚群產生不利影響。食用攝入鋁或其他金屬的魚可能危害人們健康。酸性沉降物和被酸化的湖泊，有可能導致酸敏感的水生物消失，使初級產物毀滅，並使受影響的生物鏈被破壞。水體酸化還會導致水生生物的組成結構發生變化，耐酸的藻類、真菌增多而有根植物、細菌和無脊椎動物、兩棲動物減少，並導致細菌對水體和有機物殘體的分解速度降低，使水質變壞。國內外研究證明，當水體酸化至pH值為6.5～6時，魚類的孵化率明顯下降；pH值為6以下時，魚苗的數量減少；pH值小於5.5時，大部分魚類很難生存；當pH值進一步降低到5以下時，各種魚類和兩棲動物以及大部分昆蟲將消失，水草大量死亡，浮游生物瀕臨滅絕。瑞典大約有4000個湖泊在迅速酸化，湖中魚類數量驟減。

酸雨使湖水酸度增加，被極度酸化的湖水，粗看上去清徹透明、碧純可愛，細看則既無游魚又無浮萍，一片死寂，似“水中墳墓”。據報道酸雨已經使挪威和瑞典的4萬多個湖泊中的魚死亡。美國紐約州的阿第倫達山區，有217個過去盛產鮭魚、鱸魚的湖泊已成了無魚的“死湖”。酸雨還會使森林退化、土壤酸度增加。在德國、捷克、波蘭不斷有森林受到了損害的報導傳來，一些學者不無憂慮地指出：“經營了數百年的森林成果看來將在今後幾年內喪失，森林正在快速地在中歐消失。”在酸雨存在的地區，棉花、小麥和豌豆等農作物明顯減產。在中國，酸雨的危害，也日益加劇。被視為世界三大酸雨之一的重慶市，每年因酸雨造成的經濟損失高達5～6億元，在重慶南山風景區，馬尾松成片死亡，松針、葉尖枯黃脫落，森林死亡面積已達800多公傾。在酸雨的侵蝕下，重慶嘉陵江大橋的鋼樑必須每年除鏽油漆一次，每年花維修費用比南京長江大橋多得多，而其長度僅為南京長江大橋的1/4；重慶城區的電線平均10年就要更換線材；重慶電視塔建成後僅三年就鏽跡斑駁。因酸雨造成的物種退化、名勝古蹟受損，對人 體和物種生存的潛在影響，更是無法用價值來估量。

形成酸雨的主要汙染物是SO2，其次是NO2。酸雨使土壤和河流、湖泊酸化，導致水生、溼生植物的死亡，威脅水生動物(如魚、蝦、貝類等）的生存，破壞水域生態系統中的食物鏈。還能直接危害陸生植物的葉和芽，使作物和樹木死亡。