若企業將處於輔助地位的“營改增”業務與主業分離，將收到經濟轉型升級、企業增效增利、地方財政增收的良好效果。
主輔分離就是將企業的全部業務中，屬於交通運輸和現代服務等非核心輔助性業務，從主營業務中分離出來。企業將生產經營業務中的服務業從主業中剝離出來，集中力量做大做強主業，由“高、大、全”向高、精、尖、細、特、專方向發展，能夠加快重點產業發展壯大和轉型升級，並以更低的成本獲取更加專業的服務，提升生產效率和核心競爭力。
主輔分離不宜“眉毛鬍子一把抓”，若讓小微企業主輔分離，反而不利於其成長，因此必須增強針對性，避免盲目性，突出重點、抓大放小。建議將年生產經營總規模在1億元以上、年研發費超過500萬元以上、自有運輸車輛10輛以上、倉儲面積超過5000平方米的企業列為推行重點。
將“營改增”輔業從企業主業中分離出來，要認真研究企業主輔分離後的機構設定、業務運轉、財務核算、稅收變化、利潤增減等問題，全方位衡量企業主輔分離利弊得失，尊重企業的意願和選擇，制定行得通、推得動、可操作的實施辦法。對企業有主輔分離需求的，要加強宣傳，積極引導。
資本具有逐利性，只有主輔分離的結果能夠給企業帶來更多的利益，企業才會積極主動。目前有三個因素，影響企業推行主輔分離。
一是選擇徵稅與選擇免稅的矛盾。納稅人提供技術轉讓、技術開發和與之相關的技術諮詢、技術服務屬於免稅範圍，但企業既可以選擇免稅也可以選擇放棄免稅。企業如果選擇免稅，實施主輔分離無稅可徵，地方公共財政收入不會增加，地方的動力就不足；企業如果放棄免稅，主輔分離後母公司購進的服務可以抵扣稅款，對企業利益影響甚微，但對母公司以外的企業提供服務，則額外增加了放棄免稅的納稅負擔。
二是改革發展與成本管理的矛盾。企業實行主輔分離，除了增加辦理證照、設定賬簿、使用報表費用外，管理人員、財務人員將會有所增加，管理費、執行費等費用也隨之增加，勢必加大企業的成本費用。
三是工作增加與稅收減少的矛盾。主輔分離後，將部分作為共享稅的增值稅收入變成屬於“營改增”的地方公共財政收入，雖能夠提高國稅收入中屬於地方公共財政收入的份額，同時增加了國稅部門業務操作和完成任務的難度，但國稅總收入並沒有增加，甚至有可能減少，部分單位可能存在動力不足的問題。
若企業將處於輔助地位的“營改增”業務與主業分離，將收到經濟轉型升級、企業增效增利、地方財政增收的良好效果。
主輔分離就是將企業的全部業務中，屬於交通運輸和現代服務等非核心輔助性業務，從主營業務中分離出來。企業將生產經營業務中的服務業從主業中剝離出來，集中力量做大做強主業，由“高、大、全”向高、精、尖、細、特、專方向發展，能夠加快重點產業發展壯大和轉型升級，並以更低的成本獲取更加專業的服務，提升生產效率和核心競爭力。
主輔分離不宜“眉毛鬍子一把抓”，若讓小微企業主輔分離，反而不利於其成長，因此必須增強針對性，避免盲目性，突出重點、抓大放小。建議將年生產經營總規模在1億元以上、年研發費超過500萬元以上、自有運輸車輛10輛以上、倉儲面積超過5000平方米的企業列為推行重點。
將“營改增”輔業從企業主業中分離出來，要認真研究企業主輔分離後的機構設定、業務運轉、財務核算、稅收變化、利潤增減等問題，全方位衡量企業主輔分離利弊得失，尊重企業的意願和選擇，制定行得通、推得動、可操作的實施辦法。對企業有主輔分離需求的，要加強宣傳，積極引導。
資本具有逐利性，只有主輔分離的結果能夠給企業帶來更多的利益，企業才會積極主動。目前有三個因素，影響企業推行主輔分離。
一是選擇徵稅與選擇免稅的矛盾。納稅人提供技術轉讓、技術開發和與之相關的技術諮詢、技術服務屬於免稅範圍，但企業既可以選擇免稅也可以選擇放棄免稅。企業如果選擇免稅，實施主輔分離無稅可徵，地方公共財政收入不會增加，地方的動力就不足；企業如果放棄免稅，主輔分離後母公司購進的服務可以抵扣稅款，對企業利益影響甚微，但對母公司以外的企業提供服務，則額外增加了放棄免稅的納稅負擔。
二是改革發展與成本管理的矛盾。企業實行主輔分離，除了增加辦理證照、設定賬簿、使用報表費用外，管理人員、財務人員將會有所增加，管理費、執行費等費用也隨之增加，勢必加大企業的成本費用。
三是工作增加與稅收減少的矛盾。主輔分離後，將部分作為共享稅的增值稅收入變成屬於“營改增”的地方公共財政收入，雖能夠提高國稅收入中屬於地方公共財政收入的份額，同時增加了國稅部門業務操作和完成任務的難度，但國稅總收入並沒有增加，甚至有可能減少，部分單位可能存在動力不足的問題。