1、安全風險

承包的工程在質量、安全、進度等方面難以實施有效的保證。掛靠人及其組成的掛靠群體，在技術、裝置、施工經驗和組織能力難以滿足工程的要求，施工條件簡陋，管理水平落後，大量違規施工，帶來諸多安全隱患。

2、證書風險

現在雖然註冊法沒有出臺，但一般註冊制度應是兩至三年年檢一次，如果一旦出現違規現象，例如建設主管部門檢查專案經理不在現場，那麼就有可能影響年檢的透過。而且國家明令一證只得在一家單位註冊執業。

3、違約風險

由於掛靠人用的是被掛靠人的名義，在施工組織管理的全過程中所產生經濟往來的民事行為都是以被掛靠人的名義實施的，一旦發生糾紛或對外債務不能清償，被掛靠企業則成為被告。

對於被掛靠的公司而言，靠收取管理費出借資質，既違法又承擔風險。掛靠者往往為個人，自身沒有資金或資金很少，借用掛靠企業的名義，靠朋友或關係去承攬建設工程，雖然容易被對方納入洽談物件。但是一旦發生糾紛，被掛靠企業即捲入糾紛中。被掛靠企業對掛靠者的經營難管理，也難以制止掛靠者的經營行為，從而引發各種糾紛。

雖然掛靠協議中約定了，施工合同風險及一切責任全由掛靠單位承擔，但是因為施工合同是以被掛靠企業的名義簽訂的，也就是說，出借營業執照和企業資質的被掛靠企業，是施工合同的承包方，因此，一旦掛靠單位出現合同違約，比如，工程質量問題，工期延誤問題等，被掛靠企業要首先向發包方承擔違約責任。