1、包含內容不同：

三證合一指的是工商營業執照、組織機構程式碼證和稅務登記證。

五證合一指的是企業營業執照、組織機構程式碼證、稅務登記證、社會保險登記證、統計登記證，“五證合一”變為載入統一社會信用程式碼的營業執照。

2、時間不同：

三證合一是在2015年10月1日起實施的，91開頭的統一社會信用程式碼都是三證合一。

五證合一是在2016年10月後的“三證合一”的基礎上進行的登記制度改革，並且在2017年12月31日前原證件照繼續有效，直至2018年1月1日，一律統一使用載入統一社會信用程式碼的營業執照。

3、基本原則不同：

三證合一

①、相容幷蓄，降低成本。以當前基礎較好、應用廣泛的組織機構程式碼為基礎，最大限度滿足各部門管理需求，降低另建及改造成本，減輕社會負擔。

②、統一標準，分步實施。制定統一程式碼制度建設相關標準，確定程式碼位數和構成。設立過渡期，實現現有各類機構程式碼逐步向統一程式碼過渡。

五證合一

①、標準統一規範。建立健全並嚴格執行企業登記、資料交換等方面的標準，確保全流程無縫對接、流暢運轉、公開公正。

②、資訊共享互認。強化相關部門間資訊互聯互通，實現企業基礎資訊的高效採集、有效歸集和充分運用，以“資料網上行”讓“企業少跑路”。

④、服務便捷高效。拓展服務渠道，創新服務方式，推行全程電子化登記管理和線上線下一體化執行，讓企業辦事更方便、更快捷、更有效率。