如果麵粉發酵太久，麵糰會產生酸味，也會變得很粘不易操作。同樣，如果發酵不足，麵粉體積會偏小，質地也會很粗糙，風味不足，所以發酵需要控制得恰到好處。

麵粉發酵常見有小蘇打（食用鹼，即面鹼，化學名稱碳酸氫鈉）和酵母發酵等，原理上相似，就是透過在麵糰中產生大量二氧化碳氣體，二氧化碳氣體被面筋所包裹，形成均勻細小的氣孔，使麵糰膨脹起來。採用小蘇打發酵，會嚴重破壞麵粉中的B族維生素，而酵母發酵不會，並且提高了營養價值。酵母分為鮮酵母、乾酵母兩種，是一種可食用的、營養豐富的單細胞微生物。酵母發酵過程中分解麵粉中的澱粉和糖分，產生二氧化碳氣體和乙醇。

發酵的時間和麵團的糖油含量、發酵溫度有關係。一般來說，普通的麵糰，在28度的時候，需要1-2個小時左右（部分還需要醒發，二次發酵）。如果溫度過高或過低，則要相應縮短或延長髮酵時間。普通麵包的麵糰，一般能發酵到2-2.5倍大，用手指沾麵粉，在麵糰上戳一個洞，洞口不會回縮。(如果洞口周圍的麵糰塌陷，則表示發酵過度)。

發酵過度可以彌補，麵粉變酸，可以適當加一點小蘇打中和酸味，但如果嚴重發酵過度麵糰的麵筋彈性都會受影響，還必須加一些麵粉重新和成麵糰。

但如果因為麵粉發酵時間過長，而導致有大腸桿菌、黃麴黴菌和其它毒素得滋生，這樣就不能食用了。