1、主體識別方式不同，紙質合同為“面對面”合同，主體清晰易識別，而電子合同為“背靠背”合同，需要透過技術手段保證主體的真實性；

2、簽署方式不同，紙質合同為簽字和扣章，電子合同則透過電子簽名實現對合同的簽署；

3、儲存方式不同，紙質合同的管理較為繁瑣，需要歸檔儲存，而且需要佔用空間，調取查詢不方便，電子合同的儲存與管理方便快捷，不佔用空間，省時高效。當然，關鍵在於，具有可靠電子簽名的電子合同，才和紙質合同具有同等法律效力。並且可以作為就強證明力的電子證據在法庭上使用。

簡單的說，電子合同和紙質合同相比有五個優勢：

一、電子合同儲存成本低；

二、電子合同管理人力成本低；

三、電子合同無物流成本；

四、電子合同可提高工作效率；

五、電子合同安全性高

1、內容對比：

由下圖表格我們可以看到電子合同與紙質合同從價格、成本、效率、管理、法律效力、安全可靠性等上有明顯不同：

區別分析：

單從操作流程上而言，與紙質合同蓋章流程相比，電子合同的使用過程有以下幾點變化：

流程更簡化：免去列印、來回郵寄等環節，合同簽署及管理整體週期縮短；

操作更安全：全流程線上操作，資料傳輸留痕，保障檔案內容的不可篡改和不可抵賴；

降本增效：電子文件傳輸、蓋章、儲存，免去紙張、儲存等能耗，成本更低，效率更高。

2、操作便捷性對比：

合同模板管理：與紙質合同相比，電子合同模式之下使用者對合同模板的管控能力更進一步。除了可本地起草或維護合同內容，對電子版合同包容性更強。如：支援更多版本格式、指定合同用章許可權等；

簽署方式管理：紙質合同遵循線下面籤或基於雙方信任基礎之下異地郵寄簽署；電子合同則全程線上，透過多種移動化的簽署方式提升操作快捷性與及時性；

3、真偽鑑定對比：

內容一致性保障：紙質合同線上審批線下蓋章，內容一致性主要依賴人工檢核，費時費力易出錯；電子合同則透過各環節全程線上保障內容一致性。

簽章真偽鑑定：紙質合同往往是產生糾紛會損失後，為了限定責任而透過公安機關進行鑑定真偽，鑑定滯後，難以防範隱患的產生；

電子合同則是透過數字簽名技術保障合同內容身份可識別、內容不可篡改，透過線上驗籤即可快速辨別真偽，根據實際需要也可出具權威公證書或司法鑑定書以證明其真實有效性。

4、成本管控對比：

紙質合同管理模式除往返寄送運費、佔用儲存空間，合同的儲存、調閱、歸檔難度將隨著年限增長越來越大；電子合同則將紙張、運費、儲存空間等環節0消耗；透過線上化的傳輸、儲存，提速降本控險兼顧。

根據《電子簽名法》相關規定，使用可靠的電子簽名簽署的電子合同具備與手寫簽字或蓋章的紙質合同同等的法律有效性。

同時，《電子簽名法》提：第14條“可靠的電子簽名與手寫簽名或者蓋章具有同等的法律效力”並沒有否定“不可靠”電子簽名的法律效力。使用“非可靠電子簽名”簽名的電子合同，需要結合更多的上下游證據來證明其資料、簽名的可靠性。

因此，簽署電子合同時，簽署方最好在合同條款中先約定使用電子簽名、資料電文、電子存證，以及選擇由權威可靠第三方認證的電子簽名和第三方簽約平臺。

值得一提的是，如今網際網路法院開始興起，很多網際網路糾紛主要由網際網路法院解決，但除了著作權糾紛類案件以外，網際網路法院主要審理履行合同時產生的各類糾紛，其關鍵前提是有簽署過合同。