1、梃擊案。萬曆43年，即1615年五月初四黃昏，一個壯漢手持棗木棍，闖進太子朱常洛所住的慈慶宮，打傷守門的太監，幸好被其他人制服，並未危及太子。 壯漢如何能闖進戒備森嚴的皇宮，又如何能輕易找到太子居住的宮殿呢? 經過反覆審理，原來此漢名叫張差，是太監龐保和劉成引進宮的；而龐、劉又是鄭貴妃（萬曆皇帝的最愛）的人，於是，案情牽涉到了鄭貴妃，但沒有進一步追查，只以瘋顛奸徒之罪，殺張差於市，並斃龐、劉於內廷了案。此案成為了明宮三大案之一。

　　2、紅丸案。萬曆四十八年(萬曆去世)，朱常洛歷盡千辛萬苦總算登上了皇帝寶座，即泰昌帝。即位之初政務非常繁忙，加上朱常洛縱慾，當上皇帝才十幾天，就突然病倒了。本來不是什麼大病，吃幾副補藥，調養一段時間就可以復原，但是掌管御藥房的太監崔文升向皇帝進了一濟瀉藥，泰昌帝當天晚上腹瀉三四十次，身體一下就垮了下來，而且病情日趨惡化。這時，鴻臚寺丞李可灼進獻兩粒紅丸，泰昌帝用了第一粒後，病情稍見好轉，用了第二粒後泰昌帝昏昏睡去，於第二天清晨駕崩。這件事情，很多人懷疑是鄭貴妃指使下毒，但朝中意見不一，最後將崔、李二人謫戍了事。史稱“紅丸案”。

　　3、 移宮案。泰昌帝死後，又引發出一案，這就是“移宮案”。當時，太子朱由校才15歲，子承父業，順裡順章，但卻不然。由於太子朱由校母親早故，他自幼由泰昌一位寵妾選侍李氏撫養。當時，朱由校已經被宣佈繼承皇帝位，然而，小皇帝卻遲遲沒有從後宮走出來。原因是李選侍有著其它目的將新皇扣留。幸虧太監王安，理明大義，將皇子騙了出來，交給了群臣。按古制皇帝即位後，其撫養宮人應該立即遷入乾清宮居住。但是，李選侍卻賴在乾清宮不走，以此要挾群臣給他皇太后的封號。另外，李選侍與鄭貴妃關係密切，她留在小皇帝身邊，有把持朝政的可能，於國不利。最後，群臣激怒，楊漣代表眾大臣向李選侍下達最後通牒，讓他即日離宮，新皇朱由校也下旨，讓李移宮，加上大太監王安對李選侍百般威嚇，李選侍終於帶著宮女灰溜溜的遷出了乾清宮。史稱此事件為“移宮案”。

　　4、壬寅宮變。嘉靖21年（即1542年）舊曆十月的一天中午，嘉靖帝正在睡午覺，突然，有十幾名宮女趁他睡著，闖進房來，按住嘉靖皇帝，用布矇住他嘴臉，由楊金英在他脖子上結繩，兩名宮女各拉一端，試圖把他勒死。慌急之中楊金英把繩子系成死結，儘管宮女用力拉，還是沒把他勒死。一個宮女害怕起來，他跑出乾清宮呼救，方皇后領人前來救架，嘉靖皇帝才大難不死。後來，宮女們全部被捕，幾天後被凌遲處死。所謂“凌遲”，就是人們常說的“千刀萬剮”的酷刑。這就是震驚中國的“壬寅宮變”。

　　這幾個疑案在《明朝那些事兒》中有比較詳盡的描述。