主要是原子間的斥力造成的。

我們都知道，原子是由核外帶負電荷的電子和中心帶正電荷的原子核組成。當兩個原子靠的非常近的時候，這個時候兩個原子的核外電子就會發生靜電相互排斥，同時，兩個原子核也會相互排斥，從而造成兩個原子不能無限接近。

但是，當外界壓力非常大的時候，兩個原子就可以克服之間的靜電排斥力，從而發生原子核融合，這就是所謂的核聚變。例如太陽中發生的氫核聚變，就是由於太陽自身的引力太大，迫使太陽核心的氫原子聚變為氦原子，同時釋放巨大能量。

另外，題主說的穿越原子現象也確實存在。不過不是原子間，是中子和原子之間。中子，它不帶電荷，而且非常小，和質子差不多大小。所以它和質子和電子不存在靜電力，所以中子就具有穿過原子的能力。就是說中子可以輕鬆穿牆而過。所以他們被稱為宇宙"隱身人"，直到2013年，科學家才首次捕捉到高能中子。

原子核到核外電子之間的空間是與四維時空隔離的另外一個空間。所以兩個原子碰在一起的過程是兩個同類但是相互正交的維度之間的關係。所以不會相互穿透。

就和兩個氣球差不多，兩個原子之間是透過一個視界隔離的。

兩個原子之間只有SU2的物質可以穿越。比如光子。

在四維時空中，兩個原子之間的陰是相互正交的關係。所以兩個原子不能相互穿透。

原子核是有磁極性，與電子環繞產生磁場相互排斥又不斷變換，外界原子靠近時變化的磁場相互疊加，使原子間的姿態不斷調整，可能相互擁抱，並保持一定的距離，達到穩定狀態。也可能相互離開。根據不同的原子性質而異。

分子動理論：物質是由分子組成的；分子永不停息地做無規則的運動；分子之間存在相互作用的引力和斥力；分子間有間隙。分子動理論也適用於原子，物理中為敘述方便省略了原子。

其中，分子間的引力和斥力是同時存在的，並且都隨分子間距離的增大而減小，隨分子間距離的減小而增大，到增大和減小的快慢不同，斥力減小的快，增大的也快，見下圖。當分子間距離r等於某一距離r0時，引力等於斥力，分子間的作用力為0，分子處於平衡位置；當r＜r0時，斥力大於引力，分子間的作用力表現為斥力；當r＞r0時，引力大於斥力，分子間的作用力表現為引力。

因此，當兩個原子碰在一起時，由於距離很小，原子之間的斥力就會將二者推開，靠近都難，遑論穿透。

首先我們必須知道的是，原子不是空的。雖然原子核和核外電子所佔體積很小很小，但是它們才是原子的主要部分！

那為什麼原子不能相互穿透呢？原因非常簡單，就是同種電荷互相排斥而已！我們知道原子的核外電子雖然執行軌道飄忽不定，但它卻帶負電，在一定程度上可以認為周圍電場呈收斂裝！

所以當兩個原子足夠接近時，核外電子間就會開始互相排斥！再進一步而言原子核與原子核之間也是會相互排斥的！

看到這裡有人會問了，既然同種電荷會互相排斥那麼一個原子核為什麼會有許多質子呢？其實這並不是因為質子之間沒有斥力了，而是因為更大的力，讓斥力抵消了。這個力就是—強相互作用力！再比如我們曾說過宇宙中的神奇天體—中子星，就是因為自身引力太大，導致原子也無法承受，因此電子被壓縮到原子核中與質子一起變為了中子。

生活中我們能夠看到許多“穿透”現象，例如我們去醫院做的核磁共振、安檢的措施等等！但我們必須要知道的是，這些都不是原子上的穿透！

例如wifi訊號“穿牆”是衍射和透射的共同效應；核磁共振則是利用了原子共振的成像原理；再比如醫學上的X射線則是利用其高頻率穿透特性！或者在例如我們所說的γ射線也是利用中字和高頻率電磁波而已！

所以原子層面上的互相穿透在某種程度上來說，是不可能的！因為粒子的斥力也是極其之大的！