1260年,蒙哥汗逝世，忽必烈與胞弟阿里不哥展開了汗位之爭，始終堅定支援忽必烈伊利汗國旭烈兀汗與支援阿里不哥的窩闊臺系後人及察合臺汗國分為了兩個陣營，長王拔都汗建立的統領羅斯諸公國的欽察汗國則持中立態度，蒙古帝國就此分裂。最終這場戰爭以阿里不哥失敗告終，元帝國建立。

忽必烈去世後的1269-1309年四十年間，以海都汗為代表的窩闊臺家族在其基地塔爾巴哈臺的葉密立河畔統治著中亞，並與拖雷系建立的元朝和伊利汗國抗衡，征戰不斷，所謂的“中亞動盪”其實就是蒙古帝國內戰。

忽必烈的孫子、元成宗鐵穆耳於1301年8月在哈拉和林與鄂爾渾河左岸支流塔米爾河之間大敗海都，海都戰死。1303年8月，窩闊臺汗國和察合臺汗國兩位宗王遣使者到大都表示效忠，承認元朝的宗主國地位，窩闊臺和察合臺的兀魯思再次置於拖雷家族的藩屬地。

不久欽察汗國也遣使至大都請求冊封，承認元朝的宗主地位。至此，忽必烈的王朝，即中國本土的元朝，作為其他蒙古汗國的唯一的宗主而存在，元大都北京成為遠至多瑙河和幼發拉底河的世界之都，歐亞通道空前繁榮和平。

一直以來蒙古人在西方哈中亞世界的口碑都非常糟糕，許多伊斯蘭世界的歷史記載似乎也表明了蒙古大軍西征時對中亞的大屠殺和造成的嚴重破壞，甚至有研究者認為蒙古人的統治破壞了中亞的生態環境，造成中亞沙化嚴重；同時摧毀了當地的繁榮文化。但事實上蒙古人的入侵造成的並非只是單向的破壞，也有許多積極影響。

拉施特的《史集》和當時其他史家的文獻記載道，蒙古人在中亞各地四處殺戮。僅在尼沙普爾就有一百七十四萬七千人被害，在赫拉特則多達一百六十萬。而根據當地編年史家的其他版本的記載，有多達二百四十萬的當地居民慘遭蒙古鐵騎殺害。於是很多中亞與歐洲史家以此為證據坐實了蒙古是殘忍的殺戮者、征服者。但事實是這樣的嗎？

僅透過這些聳人聽聞的數字就令人難以置信，當時中亞的城市根本無力供養如此龐大的人口，須知14世紀的中亞的環境氣候與現在並無大的差別，也是典型的內陸沙漠性氣候。中亞的主要人口和農業大都分佈在錫爾河、阿姆河及其支流沿岸或山麓下的綠洲。但即便如此，也承載不了多大一二百萬的人口規模。根據近年來哈薩克等國的史學家的研究證明，當時中亞城市人口最多的也不過四五十萬，而赫拉特當時的人口頂多是十萬人。很顯然誇張的數字渲染放大了蒙古人的恐怖野蠻的刻板印象。

實際上在蒙古人西征結束後，在赫拉特、巴里黑等地都相繼成立了一些地方性的小政權。這些政權得到了蒙古人的承認，並是當時地跨亞歐大陸的蒙古帝國商貿網的重要組成部分。如果真的絕大部分人口被殺的話，短期之內這些城鎮是無法繁榮發達而作為交易樞紐的。從反面也印證了蒙古人大屠殺的誇張。

中亞並未因蒙古人的入侵而完全淪為廢墟，當然區域性城鎮損失慘重是事實。但在蒙古帝國時代和之後的帖木兒王朝時期，中亞的城市文化不但沒有中斷反而繼續蓬勃發展。輝煌的雕塑、建築、藝術與學術成就實際上顯示了中亞地區多文明交融的活力。

蒙古人並未導致中亞人口銳減和徹底荒廢，相反在促進中亞與世界各地的聯絡，推動中亞的商貿發展和城市建設上貢獻很大。巨大破壞很大程度上是人們的一種誇張與修飾，為了自己政權和民族的合法性而創造的神話。

首先謝謝邀請！個人認為中亞地區的動盪與蒙古大汗的繼位爭位有關。這個原因造成了中亞地區的持續動盪。1260年,蒙哥汗逝世，忽必烈與胞弟阿里不哥展開了蒙古汗位之爭，支援忽必烈的伊利汗國旭烈兀汗與支援阿里不哥的窩闊臺系及察合臺汗國分為了兩個陣營，蒙古帝國就此分裂。最終忽必烈爭的汗位。忽必烈去世後的1269-1309年四十年間，以海都汗為代表的窩闊臺家族在其基地塔爾巴哈臺的葉密立河畔統治著中亞，並與拖雷系建立的元朝和伊利汗國抗衡，征戰不斷，所謂的“中亞動盪"即蒙元汗位不穩爭位不斷造成的，其統治中亞的各汗國之間互相攻擊。其實就是蒙古各汗國之間的戰爭。後統治中亞的察合臺汗國又引入伊斯蘭教，強令治下各國諸族信教，使中亞因信仰問題持續動盪數百年。