幾何畫板作為專業的繪圖工具，在其中畫完圖後，要將畫的圖儲存起來，以便下次使用。那麼在儲存幾何畫板檔案時，可以選擇多種儲存型別，具體如下：；方法一：使用“儲存”按鈕；新建畫板檔案後先點選檔案選單中的儲存按鈕，或者使用快捷鍵“Ctrl+S”，這樣就可以隨時儲存修改的畫板檔案。隨時編輯隨時儲存，能確保文件不因為意外關機而損失慘重。此命令是儲存文件後不退出編輯狀態，可以繼續編輯文件。預設的檔名從“未命名1”開始，依次順延，預設儲存格式為“*.gsp”。；方法二：使用“另存為”按鈕；點選“檔案”選單，選擇“另存為”，在彈出的“另存為對話方塊”中選擇儲存位置與檔名。當開啟“檔案”選單時，按住Shift鍵，此項功能變為“另存為網頁”，就可以將該畫板檔案另存為網頁檔案。；方法三：儲存為圖片檔案；使用Ctrl+C複製，到畫圖程式中Ctrl+V貼上，就可以儲存成圖片檔案，或者到Word中貼上儲存成Word文件。；一般在幾何畫板中畫的圖可以透過以上三種方式進行儲存，如果要希望以後還可以在幾何畫板中開啟進行編輯，那就需要儲存為gsp的檔案格式，否則是無法用幾何畫板開啟的。

自定義變換是幾何畫板5.0新增的功能之一。自定義變換的操作方法是：將一個點(初始點)經過一系列操作(如平移、縮放等)得到一個新的點(變換點)，同時選定這兩個點，執行選單“變換”下的“建立自定義變換”，這樣，就定義好了一個自定義變換。定義好後，對於其它物件，就可以應用這一變換，並且可以一直重複進行下去，與迭代過程有點類似。