相當有害！！硝酸鹽作為水生植物的主要氮肥來源，但水族箱中的水生植物並不能直接同化硝酸鹽，它必須在體內將吸收的硝酸鹽先還原為亞硝酸鹽，然後將亞硝酸鹽再次還原成銨之後，才能將氮同化。由這個過程看來，亞硝酸鹽不但不會造成對水生植物的毒害，而且亦是水生植物的氮肥來源之一。但是，亞硝酸鹽對觀賞魚類等水族生物是有一定毒害作用的，只不過它的毒性要比氨小得多，致命的濃度含量為10-20ppm，也就是說一般水族生物必須要接觸到這個濃度的亞硝酸鹽後，才會造成中毒而迅速死亡。但在水族箱中，亞硝酸鹽不可能累積到這麼高的濃度含量，這是因為亞硝酸鹽很不安定，在含氧的水域中很容易被氧化為硝酸鹽。雖然如此，卻並不表示亞硝酸鹽不可怕。低濃度含量的亞硝酸鹽經常使觀賞魚類等水族生物的抵抗力降低，而容易感染各種疾病。亞硝酸鹽的毒性在於它會破壞紅血球，使血液的供氧能力逐漸喪失，並使魚類的肝、脾臟和腎臟的功能不彰，導致魚類的體力衰退、精神不佳，因此而容易感染各種疾病。這種現象只要亞硝酸鹽的濃度含量高於0.1-1.0ppm就會產生，只不過仍依魚種不同而異，例如：七彩神仙魚在亞硝酸鹽濃度含量只有0.5ppm時，對疾病的感受性就會相對增加。另外，水質的硬度也會直接影響亞硝酸鹽的毒性，在硬度較高的水質中，亞硝酸鹽的毒性會降低，至於為什麼會這樣，構成的原因至今不得而知，亦沒有資料可以參考驗證。增加水質中的鹽度也可以減少亞硝酸鹽的毒性，因此在鹽度高於一般水質的情況下，即使亞硝酸鹽含量相等，在鹽度高的水質中亞硝酸鹽的毒性相對來說要低得多。