區別如下：

1、用途不同： 一般存款賬戶：主要用於存款人借款轉存、借款歸還和其他結算的資金收付。 專用存款賬戶:存款人按照法律、行政法規和規章，對其特定用途資金進行專項管理和使用而開立的銀行結算賬戶。

2、規定不同： 一般存款賬戶不能在存款人基本存款賬戶的開戶銀行（指同一營業機構）開立。 專用賬戶特殊規定： （1）“單位銀行卡賬戶”的資金必須由基本存款賬戶轉入，該賬戶不得辦理現金收付業； （2）“財政預算外資金、證券交易結算資金、期貨交易保證金和信託基金”專用存款賬戶，不得支取現金。

3、範圍不同： 一般賬戶：存款人因借款或其他結算需要，在基本存款賬戶開戶銀行以外的銀行營業機構開立的銀行結算賬戶。 專用賬戶： 適用範圍： （1）基本建設資金； （2）更新改造資金； （3）財政預算外資金； （4）糧、棉、油收購資金； （5）證券交易結算資金； （6）期貨交易保證金； （7）信託基金； （8）金融機構存放同業資金； （9）政策性房地產開發資金； （10）單位銀行卡備用金； （11）住房基金； （12）社會保障基金； （13）收入匯繳資金和業務支出資金； （14）黨、團、工會設在單位的組織機構經費； （15）其他需要專項管理和使用的資金。