武夷山自然保護區位於武夷山脈北段的最高部位，平均海拔1200米。主峰黃崗山海拔2158米，為中國大陸東南部最高峰。
從武夷山採到的動物標本中已發現600多個新種，根據科學考察，尚未發現武夷山有第四紀冰川遺蹟。武夷山現存的一些珍稀孑遺植物銀杏、南方鐵杉、鵝掌楸、鍾萼木、天女花、水松、香榧等以及豐富的物種
武夷山自然保護區已知有維管束植物2200餘種。在分佈最廣的亞熱帶常綠闊葉林中，建群種和優勢種既有溫帶常見的殼鬥科，又有亞熱帶分佈最廣的樟科、木蘭科、山茶科和安息香科。溫帶最多的菊科紫苑屬、香茅屬、蒿屬植物在保護區中也有分佈。
武夷山自然保護區的天然植被，森林覆蓋率達95%。從下而上突出的有常綠闊葉林、針闊混交林、針葉林、山地矮曲林、山地草甸五個植被型別。
常綠闊葉林是本區生長髮育最穩定的植被型別，殼鬥科植物是這種森林中最主要的成員，以甜櫧、絲慄栲、羅浮栲、硬鬥柯、鐵椆等最為多見。其次為樟科的紅楠、黑殼楠、黃楠、新木姜子等。還有山茶科和木蘭科的紫莖、木荷、厚葉楊桐和深山含笑、假地鳳皮、武夷木蓮等，均為喬木層中的主要成分。
與溫帶生態系統相比，由細齒柃木、短柱柃、馬銀花、檵木、烏藥、紅花油茶等主要種類及其他伴生成分組成。草本植物較稀少，主要為蕨類植物芒萁和狗脊。
針闊混交林在保護區內的分佈，在黃崗山海拔1100～1350米處較典型。主要以黃山松等針葉樹與殼鬥科、山茶科、樟科、杜鵑花科等闊葉樹種混交。在黃崗山海拔1350～1750米範圍，可明顯看出黃山松、柳杉、南方鐵杉等針葉樹構成的針葉林帶。
山地矮曲林主要分佈在黃崗山海拔1750～1900米範圍內。這裡由於海拔高，氣溫降低，風速加大，因雲霧多而空氣相對溼度大。由於林內環境陰溼，苔蘚植物繁多，而草本植物不發育，主要是苔草屬。
保護區出產許多營養價值高的食用真菌，如香菇、平菇、銀耳、紅菇、木耳等，都是富含營養的美味菌類。靈芝、茯苓、冬蟲夏草等是名貴的藥用菌。還有許多真菌是森林和農作物害蟲的天敵，具有農藥所不能比擬的作用，既能除害，又不汙染環境，是一支十分理想的清潔隊。 武夷山自然保護區豐富的植被資源，保護區中約有哺乳動物100餘種，佔中國同類動物總數的1/4；鳥類約400餘種，佔中國總數的近1/3。僅在掛墩地區就有160餘種，集中了全保護區鳥類總數的1/3以上。
其中有40餘種為本區所發現的新種，如白鷳、黃嘴角鴞、竹啄木鳥、掛墩鴉雀、白額山鷓鴣等；還有白背啄木鳥、橙背鴉雀、赤尾噪鶥、滇綠鶥等，兩棲和爬行動物約100餘種，崇安髭蟾、蠑螈、三港雨蛙、大頭平胸龜、麗棘蜥等均為世界罕見的特有種。
魚類也有30餘種，保護區中昆蟲的豐富程度也是中國其他地區少有的，中國昆蟲32個目，保護區採到的就佔31目，估計可達2萬餘種之多，僅在大竹嵐一帶已發現的昆蟲就達300多個科，佔中國昆蟲總科數的1/3。
保護區內被列為國家重點保護的珍稀動物有華南虎、白頸長尾雉、金貓、大靈貓、穿山甲、獼猴、雲豹、毛冠鹿、短尾猴、小靈貓、黃腹角雉、鬣羚等。
武夷山自然保護區位於武夷山脈北段的最高部位，平均海拔1200米。主峰黃崗山海拔2158米，為中國大陸東南部最高峰。
從武夷山採到的動物標本中已發現600多個新種，根據科學考察，尚未發現武夷山有第四紀冰川遺蹟。武夷山現存的一些珍稀孑遺植物銀杏、南方鐵杉、鵝掌楸、鍾萼木、天女花、水松、香榧等以及豐富的物種
武夷山自然保護區已知有維管束植物2200餘種。在分佈最廣的亞熱帶常綠闊葉林中，建群種和優勢種既有溫帶常見的殼鬥科，又有亞熱帶分佈最廣的樟科、木蘭科、山茶科和安息香科。溫帶最多的菊科紫苑屬、香茅屬、蒿屬植物在保護區中也有分佈。
武夷山自然保護區的天然植被，森林覆蓋率達95%。從下而上突出的有常綠闊葉林、針闊混交林、針葉林、山地矮曲林、山地草甸五個植被型別。
常綠闊葉林是本區生長髮育最穩定的植被型別，殼鬥科植物是這種森林中最主要的成員，以甜櫧、絲慄栲、羅浮栲、硬鬥柯、鐵椆等最為多見。其次為樟科的紅楠、黑殼楠、黃楠、新木姜子等。還有山茶科和木蘭科的紫莖、木荷、厚葉楊桐和深山含笑、假地鳳皮、武夷木蓮等，均為喬木層中的主要成分。
與溫帶生態系統相比，由細齒柃木、短柱柃、馬銀花、檵木、烏藥、紅花油茶等主要種類及其他伴生成分組成。草本植物較稀少，主要為蕨類植物芒萁和狗脊。
針闊混交林在保護區內的分佈，在黃崗山海拔1100～1350米處較典型。主要以黃山松等針葉樹與殼鬥科、山茶科、樟科、杜鵑花科等闊葉樹種混交。在黃崗山海拔1350～1750米範圍，可明顯看出黃山松、柳杉、南方鐵杉等針葉樹構成的針葉林帶。
山地矮曲林主要分佈在黃崗山海拔1750～1900米範圍內。這裡由於海拔高，氣溫降低，風速加大，因雲霧多而空氣相對溼度大。由於林內環境陰溼，苔蘚植物繁多，而草本植物不發育，主要是苔草屬。
保護區出產許多營養價值高的食用真菌，如香菇、平菇、銀耳、紅菇、木耳等，都是富含營養的美味菌類。靈芝、茯苓、冬蟲夏草等是名貴的藥用菌。還有許多真菌是森林和農作物害蟲的天敵，具有農藥所不能比擬的作用，既能除害，又不汙染環境，是一支十分理想的清潔隊。 武夷山自然保護區豐富的植被資源，保護區中約有哺乳動物100餘種，佔中國同類動物總數的1/4；鳥類約400餘種，佔中國總數的近1/3。僅在掛墩地區就有160餘種，集中了全保護區鳥類總數的1/3以上。
其中有40餘種為本區所發現的新種，如白鷳、黃嘴角鴞、竹啄木鳥、掛墩鴉雀、白額山鷓鴣等；還有白背啄木鳥、橙背鴉雀、赤尾噪鶥、滇綠鶥等，兩棲和爬行動物約100餘種，崇安髭蟾、蠑螈、三港雨蛙、大頭平胸龜、麗棘蜥等均為世界罕見的特有種。
魚類也有30餘種，保護區中昆蟲的豐富程度也是中國其他地區少有的，中國昆蟲32個目，保護區採到的就佔31目，估計可達2萬餘種之多，僅在大竹嵐一帶已發現的昆蟲就達300多個科，佔中國昆蟲總科數的1/3。
保護區內被列為國家重點保護的珍稀動物有華南虎、白頸長尾雉、金貓、大靈貓、穿山甲、獼猴、雲豹、毛冠鹿、短尾猴、小靈貓、黃腹角雉、鬣羚等。