《東邪西毒：終極版》與早期版本的區別在於這部影片是後來重新修復過的，時間為93分鐘。

一、刪減鏡頭

1、與《東邪西毒》相比，《東邪西毒：終極版》一開始的影象略微有些不同，王家衛在一場風暴中加入了一個巨大的黃色月亮。此外虛弱的洪七受他妻子照顧的場景有兩個，王家衛刪掉了一個。

2、武打部分做了刪剪，比如梁朝偉殺馬賊的那場戲就剪短了，全片比《東邪西毒》少了7分鐘。

3、取消了旁白，由倒序改為正序。此外影片顏色由冷到暖，修改為油畫感覺。

4、《東邪西毒》光是拍一個主要給發行商看的場面就花掉了150萬港幣，但這一段在《東邪西毒：終極版》中被剪掉，因為跟劇情沒多大關係。

5、拍攝時張國榮和林青霞有一場吻戲，但卻被王家衛刪掉，而且也沒有收錄在《東邪西毒：終極版》中。

二、增加鏡頭

1、《東邪西毒：終極版》中，王家衛用了一個小花招，就是加了一個滿是桃花的鏡頭，而這個鏡頭是從他的老朋友劉鎮偉的《天下無雙》中借來的。

2、《東邪西毒：終極版》在劇情上最明顯的改動就是在季節變化的畫面上配上了字幕，把時間的脈絡理清晰了 。

三、致敬

為表達對張國榮的敬意，《東邪西毒：終極版》的最後一個鏡頭留給了他。

四、其他

1、《東邪西毒：終極版》畫面色彩更加濃豔。在聲效方面，原版《東邪西毒》配的是單聲道，而《東邪西毒：終極版》將其修復成了5.1環繞立體聲。

2、配樂部分由大提琴家馬友友為《東邪西毒：終極版》重新配樂。