規則如下：

1.每場比賽雙方主將相遇，另設定一局快棋。2.比賽計分辦法：比賽每場勝一局得2分，負一局得0分。局分高者場分記3分，局分少者得0分，局分相同時，則主將勝方場分得2分；負方得1分。3.名次計算：場分多者名次列前，場分相同比較局分，局分相同比較主將勝率，再相同則比較各隊第一勝率（出場15場以上者）高者名次列前，依次比較直至比出名次。4.甲級聯賽的最後兩名降入中國圍棋乙級聯賽，乙級聯賽前兩名升入甲級聯賽。2006年起，聯賽冠軍和南韓的聯賽冠軍有一場冠軍賽。

2018年後，中國圍棋協會公佈了圍甲聯賽賽制的改革方案，從以前的全年雙迴圈比賽變更為單迴圈+季後賽的方式。具體方案：

1、常規賽為單迴圈十五輪，前八名進行季後賽爭冠戰，後八名進行季後賽保級戰。2、爭冠戰由常規賽第五名對第八名、第六名對第七名，勝者挑戰第四名、第三名，再勝者挑戰第一名、第二名，產生兩支隊伍進入總決賽；保級戰由常規賽第九名對第十二名、第十名對第十一名，勝者保級，敗者對陣第十三名、第十四名，再敗者對陣第十六名、第十五名，產生兩支隊伍降級。3、爭冠戰、保級戰採用主客場制，打平以第二場主將成績決勝。常規賽排名在前的隊伍第二場為主場。4、總決賽及三四名、五六名決賽均採用三局兩勝制。第七名起不再另行決出，根據常規賽名次排列先後。常規賽名次相同時，按照比較常規賽場分、局分、直勝、主將勝率、第一勝率(常規賽出場12場以上者)的順序產生排名。