移植適當數量的水生植物，如水葫蘆等，草魚池宜用浮蓮；

2、培養其它藻類，使藻相複雜不單一，可採取進含有矽藻、綠藻豐富的水20cm~50cm，然後施用專用生物肥，少量多次；

3、混養濾食魚類，主要是鰱、鱅和羅非魚，放養數量依據池塘營養鹽狀況和水華大小而定，這也是最經濟、有效的方法；

4、投放生物製劑。

物理方法

1、經常換水，保持水質清新，可抑制裸藻的大量繁殖，防止裸藻水華的發生。在裸藻水華初期形成後，立即換水30％~50％，裸藻水華的爆發性生長可得到有效遏制。在抽水時，注意務必選擇在裸藻集中的地方，這是最快速並直接的方法；

2、用絮凝劑，之後注意培水；

3、人工撈取也是比較有效的方法，只是勞動強度較大；

4、每天中午12點～13點鐘，堅持開啟增氧機2小時，增加水體交換。

化學方法

1、調節水體pH，可以利用有些裸藻對pH敏感的特點，調節裸藻的生長。可用生石灰或硝克（1畝）或鹼消，生石灰一般畝用20kg左右，硝克按照一畝用一瓶的使用量，鹽鹼地不建議這種方法；

2、調節鹽度，裸藻大部分生長在淡水中，針對耐鹽的養殖品種，可採用提高鹽度至5‰～10‰的方法，也就是一畝用粗鹽8-10斤左右，可抑殺裸藻；

3、在裸藻集中的區域或全池潑灑殺滅藥物，注意用藥後的水體解毒。