漢初，今合浦縣境屬南越國轄地。

元鼎六年，漢武帝平南越，劃出南海、象郡交界地方置合浦郡，郡治徐聞（今廣東省海康縣地域），同時設合浦縣。合浦縣轄地為今合浦、浦北、北海、靈山、欽州、博白、廉江、容縣、北流以及邕寧、橫縣的一部分。

三國漢獻帝建安十五年，孫權派步騭任交州刺史，合浦屬孫吳轄地。吳黃武五年，分合浦以北歸廣州管轄，黃武七年，合浦郡改稱珠官郡，同年劃分出合浦縣南境設定珠官縣，與合浦縣同屬珠官郡。

吳太元二年至太平三年複稱合浦郡。吳永安三年，劃出合浦縣西北部設定昌平縣（今橫縣），隸屬合浦郡。

西晉太康元年，撤珠崖郡併入合浦郡，同年劃出合浦縣東北部設蕩昌縣（今容縣），建武元年以後，又析合浦縣地置新安縣。合浦郡隸屬交州，郡址在合浦縣城（今浦北縣舊州）。

中華民國元年，撤銷廉州府。合浦縣直屬欽廉軍政府轄。同年欽

解放後，1949年合浦縣隸屬廣東省南路專區。

1949年合浦縣隸屬廣東省南路專區。1950年合浦縣改屬廣東省欽廉專區。1951年合浦縣隸屬廣東省欽州專區，同年5月10日將合浦縣轄的東鎮、西鎮、高德鄉、潿洲鄉設北海市。1952年合浦縣隸屬廣西省欽州專區。

同年5月31日將合浦縣北部析置浦北縣。1953年欽州專署遷合浦縣廉州鎮。1955年欽州專區劃歸廣東省，改稱合浦專區，合浦縣屬合浦專區。1958年撤銷合浦專區，將所屬縣市併入廣東省湛江專區。合浦縣屬湛江專區，同時將北海市和浦北縣並歸合浦縣。

1959年6月設北海鎮（縣級），1965年復設浦北縣，同屬廣西壯族自治區欽州專區。1970年欽州專區改稱欽州地區，合浦縣屬欽州地區。1987年7月合浦縣劃歸北海市管轄。1994年12月，劃出南康鎮、營盤鎮設立北海市鐵山港區，劃出福成鎮歸北海市銀海區管轄。