低聚果糖不易被人體所吸收，熱量值較低，吃了不發胖，還能預防齲齒。

由於低聚果糖不能被人體直接消化吸收，只能被腸道細菌吸收利用，故其熱值低，不會導致肥胖，間接也有減肥作用。對糖尿病患者來說也是一種良好的甜味劑。

低聚果糖對腸道中有益菌群如雙岐桿菌、乳酸桿菌等有選擇性增殖作用，使有益菌群在腸道中佔有優勢，抑制有害菌的生長，減少有毒物質(如內毒素、氨類等)的形成，對腸粘膜細胞和肝具有保護作用，從而防止病變腸癌的發生，增強機體免疫力。

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低聚糖跟膳食纖維一樣，經過胃腸時不會被消化吸收。到了大腸，那裡有各種各樣的細菌，其中一些可以分解利用可溶性的膳食纖維。低聚糖相當於已經被切小了的膳食纖維，更加容易被細菌分解。如果一種低聚糖受益生菌喜歡，而不被“壞細菌”喜歡，就被稱為“益生元”。

單糖可以連線成多種多樣的低聚糖，但並不是所有種類的低聚糖都能被稱為益生元。目前，只有低聚果糖和低聚半乳糖作為益生元的科學證據較為充分。除此以外，市場上有些“低聚糖”產品，並沒有充分的科學證據支援。

對於大多數人來說，沒有多大必要去購買低聚糖保健品。低聚糖以及有類似功能的膳食纖維，在許多蔬菜水果中天然存在。除了低聚糖，天然果蔬還提供其他多種營養成分，比提取出來的“保健品”，要經濟實惠多了。