主要有兩個原因，宮廷內鬥慘烈導致皇帝更換頻繁，統治殘暴不得民心。

1、宮廷內鬥慘烈導致皇帝更換頻繁

短短89年經歷了11個皇帝，除去開國皇帝忽必烈的15年（1279年滅宋以後），末代元順帝35年外，平均每個皇帝不足5年，有的皇帝甚至只在位幾十天。元中期政變頻繁，政治始終未上正軌。後期政治腐敗，權臣干政，民族矛盾與階級矛盾日益加劇，導致元末農民起義。

2、統治殘暴不得民心

元朝為維護蒙古貴族的專制統治權，採用“民分四等”的政策，把華人分為四等：一等蒙古人，二等色目人，三等漢人，四等南人。這一政策維護蒙古貴族的特權。蒙古大汗可以隨時把漢人視如生命的農田，連同農田上的漢人，像奴隸一樣賞賜給皇親國戚——親王公主或功臣之類。南宋滅亡後所舉行的一次賞賜中，少者賞賜數十戶數百戶，多者竟賞賜十萬戶。每戶以五口計，一次就得到五十萬個農奴。漢人忽然間失去了祖宗傳留下來的農田，也忽然從自由農民淪為農奴，沒有地方可以申訴。蒙古人，都可以隨意侵佔農田，他們經常突然間把漢人從肥沃的農田上逐走，任憑農田荒蕪，生出野草，以便畜牧。

他們人口數量和文化底蘊根本就不可能長期統治這麼大個帝國，打下來也守不住。華夏文明這麼強大也就守住我們現在這麼一塊地方。還天天有人惦記著。其實蒙古人佔了那麼大地方，正真他們自己統治的有多少，看看他的四個汗國，名義上是蒙古人統治，實屬當地大民族的養著他們少數的蒙古人中貴族罷了，就像現在英華人養著他們的王室差不多，再說蒙古人統治時期，前期就是打仗擴張，後期就是不斷被別人打到沒了，所以總體來說就是沒幾年不戰爭的。要不是清朝留著他們隊服漢族，後來蘇聯人使壞，蒙古國是不存在的，也是我們的一個行政區罷了。

宋朝的司馬光說過，如果漢武帝還是窮兵黷武，他就是第二個秦始皇，離覆滅不遠了。元朝傳五世十一帝，歷時九十八年，為何不足百年，原因是：橫徵暴斂、窮兵黷武、四級等級制。

忽必烈建立了元朝，幾乎統一了整個東亞，疆域如此遼闊，這需要大量的財政支援，從元朝初建立到到元末，最缺少的就是金銀。從開始屠殺劫掠和沒收南人藏有的大量財物，到元末印刷大量的紙幣，濫發紙幣造成了通貨膨脹，再加上四級等級制，官逼民反，全國各地紛紛地發生了農民起義，最後將元朝推翻，蒙古人被趕回漠北草原去了。

現在我們看到中原地區有鬧新房的陋習，將公公與媳婦捆綁在一起，將伴娘褲子脫下當眾侮辱，其實就是蒙古人留下來的。蒙古人生活在廣闊的大草原上，應該說是天地開闊。但是，他們的家人都生活在蒙古包裡，空間就狹小了許多。過去人結婚較早，一般女子12-13歲，男孩在13-14歲結婚，倆人都不太懂事。蒙古公公為了教導自己的兒子，就有了“初夜權”。由於，蒙古人沒有受儒家思想影響，沒有什麼“貞操感”，所以不會有什麼羞辱感。

蒙古人進入了中原和南方地區，將人分為四級：蒙古人、色目人、漢人（指北方漢化的所有胡人）、南人。將元朝統治區域分為十戶為一個戶長，由蒙古人或色目人擔任戶長。住在戶裡的漢人要將自己的新媳婦送到戶長家三天，就是“初夜權”，才能接回來。所以，元朝時漢人有摔頭胎的風俗習慣，以保持家族血脈純潔的延續性。

朱元璋將元朝推翻，建立明朝，儘管將忽必烈尊為列祖，（因為說明大明是繼承了元朝的疆域）但是將留在明朝土地上的蒙古人稱為“墮民”，這些墮民是不能讀書做官、不能擁有土地、不能離開本土，以報復元朝將中原地區的人分為四級。我們都知道寫“聊齋”小說的作者是蒲松齡，蒲松齡是蒙古人，是明末的書生，他已經可以讀書，但不能做官，他的職業就是私塾裡做教師。演孫悟空的六小齡童，他也是蒙古人，他的家族只能演戲，演戲在過去是低端職業。蒙古人還從事另外一個職業就是吹喇叭抬棺材，人們叫這些蒙古人為“小噹民”，為死人送葬的人。

總的來說，元朝的氣數短，它自己沒有融入到漢民族中來。既想統治這塊土地，又無限度地打壓這塊土地的民族，你不早亡，誰早亡呢？

蒙古帝國面積大，民族成分複雜，元朝靠武力征服其他地區，各民族對於元帝國認同感很差，凝聚力很差，容易導致四分五裂，帝國滅亡。