伊敘關係曾在1980年因敘利亞支援發生於1980-1988年伊朗和伊拉克的戰爭而中斷，但自1997年以後雙方逐步開始恢復緊密關係。

2000年3月和2001年5月伊、敘分別在大馬士革和巴格達設立了辦事處。2000年雙邊貿易額達到7億美元。2001年簽訂了自由貿易協定和一系列合作協議，包括在工業、製藥和電信等方面建立7個合資專案。

2001年3月從敘大馬士革、阿勒頗經伊拉克到伊朗2350公里的客運火車正式開通，後因為美對伊戰爭一度中斷，至2003年11月又恢復運營。

2002年3月雙方簽訂了分別在伊拉克和在敘利亞合資建立化肥廠和玻璃廠的協議。尤其在石油方面，雙方建有一條輸油管道，1982年伊中斷向敘供應原油，2000年11月隨著雙方關係的緩和，伊拉克以約20萬桶/天恢復向敘供應原油。

2003年12月雙方簽訂以敘石油副產品換取伊拉克原油的協議，以解決伊燃料短缺問題。美對伊發動戰爭期間，敘多次向伊提供人道主義援助。戰爭結束後，雖然雙方至今還沒恢復大使級外交關係，但雙方高層互訪和合作關係非但沒有中斷而且還得到了進一步加強。

2004年2月伊石油部長率代表團就石油合作問題訪問敘利亞，雙方同意成立專門工作組以落實雙方合作的專案，2004年3月雙方簽訂協議由敘向伊提供40萬噸小麥和藥品、電力、石油副產品等。

2004年12月6日伊臨時副總統

Ibrahim Al-Jaafari率領企業代表團訪問敘利亞，以進一步增強政治互信和加強雙方在各領域的合作。雙方高層均表示要儘快恢復大使級外交關係。

2010年2月25日，敘利亞外長穆阿利姆和伊朗外長穆塔基在大馬士革簽署了兩國互免簽證協議。自協議生效之日起，敘伊兩國將互免外交、公務和因私等護照的簽證。