實際上，明朝並沒有推翻元朝，只是把元朝趕出中原了，元朝一直存在到明朝末年。

元朝末年，政治腐敗，貧富分化嚴重，國家又沒有錢，天災不斷，賦稅越發嚴重，還壓迫漢人，因此爆發了以漢族為主的元末農民起義。起義隊伍以紅巾軍為主，還有張士誠起義、徐壽輝起義、明玉珍起義等，並且先後建立了不同的政權，所以想要推翻元朝的不僅僅是明朝。

朱元璋隊伍在紅巾軍裡慢慢壯大，逐漸成為紅巾軍裡最強的力量。並且在佔領區“高築牆、廣積糧、緩稱王”，積累實力，然後打敗陳友諒、張士誠、韓林兒，自己當了老大。朱元璋其實不僅僅推翻元朝，也攻打其他農民軍，地方政權之間也戰爭頻發，只要不是己方勢力的，就要消滅。

後朱元璋在南京稱帝，建立明朝，此時的元朝依舊還在大都苟延殘喘。朱元璋於是出兵北伐，以“驅逐胡虜，恢復中華，立綱陳紀，救濟斯民” 為口號，得到漢人支援，很快就攻打到大都。

元順帝連夜出逃，遷都灤京，也就是上都，在今內蒙古自治區錫林郭勒盟正藍旗境內，繼續以元朝為國號，統治賽北地區，並且還數次南征，希望重新攻佔大都。所以明朝並沒有推翻元朝，只是把元朝趕出中原，使得元朝再也沒有控制中原。但是元朝在塞北地區還是長期存在的。

元朝出逃後，被後世稱為北元，控制著廣大蒙古地區。一直堅持到1634年才真正滅亡。此時距離明朝滅亡也就剩下只有十年的時間了。