1、建立時期上的區別

裡甲制度是明朝的基層組織形式。也是明朝政府推行黃冊制度的基礎之一。

保甲制度是宋朝時期開始帶有軍事管理的戶籍管理制度。

2、制度內容上的區別

裡甲制是每110戶編為1裡，由丁糧最多的10戶擔任里長，其餘100戶則為甲首。各里中無力承擔差役的鰥寡孤獨人戶，則帶管於110戶之外，稱為畸零戶。10名里長以10年為一個週期輪流應役，先後順序根據丁糧多寡預先編排，每年由1名里長率領10名甲首應當差役，並負責“管攝一里之事”。

保甲制以“戶”（家庭）為社會組織的基本單位，而不同於西方的以個人為單位。保甲編組以戶為單位，設戶長；十戶為甲，設甲長；十甲為保，設保長。各保就該管區域內原有鄉鎮界址編定，或併合數鄉鎮為一保，但不得分割本鄉鎮一部編入他鄉鎮之保。

3、歷史作用上的區別

裡甲制，不但可以用於日常的治安管理，還可以用於收取稅金的系統，一旦到了戰爭年代，甚至可以成為徵集軍隊的體系。具有很大的包容性，可以容納基於地緣和血緣而形成的各種關係和組織。試圖在現存的社會結構的基礎上，形成人口居住、土地佔有和賦役責任高度結合的機制。

保甲制度是中國封建王朝時代長期延續的一種社會統治手段，建立起了封建皇朝對全國的嚴密控制。