黑麴黴素是重要的發酵工業菌種，是木聚糖酶、酸性蛋白酶、纖維素酶、植酸酶、果膠酶、葡萄糖氧化酶、檸檬酸等的主要生產菌種；黑麴黴含有針對植物學原料的幾乎全套的分解酶，是自然界分解能力最強大的微生物，由黑麴黴生產的酶製劑產品對自然界的許多天然底物都有顯著的降解作用。黑麴黴是國際公認的安全有益的微生物，廣泛用於生產生物飼料新增劑，並可作為有益微生物直接用於飼料中。在中國和美國公佈的飼料新增劑目錄中，都將黑麴黴列入可飼用的微生物名錄中，在美國FDA公佈的可以直接飼餵的微生物菌種目錄中，黑麴黴排名第一。因此，黑麴黴是一種產酶豐富，綠色安全的飼料新增劑類產品。

黑麴黴用途廣泛，可應用於飼料、肥料、腐熟劑等：

1、黑麴黴在發酵飼料方面的應用：

（1）黑麴黴含有針對植物學原料的幾乎全套的分解酶，包括澱粉酶，糖化酶，脂肪酶，蛋白酶，纖維素酶，木聚糖酶，葡聚糖酶，甘露聚糖酶等，對植物性原料能夠進行全面協同的分解。經過分解處理的植物性原料，其營養成分大量釋放，能為其他所需要培養的分解能力弱的微生物提供充足和必需的養分。酵母、乳酸菌等缺乏利用澱粉、大分子蛋白質、木聚糖、纖維素、葡聚糖等的能力，含有上述成分的原料不能高效生產酵母菌和乳酸菌，而經過黑麴黴產生的系列酶處理後，澱粉被分解為可發酵的葡萄糖，蛋白質被分解為小分子的肽或氨基酸，木聚糖被分解為木糖，葡聚糖、纖維素等被分解為葡萄糖單體，成為酵母菌和乳酸菌容易吸收轉化的營養，這樣可以大大提高發酵飼料的營養水平和消化吸收率。

（2）提高動物的抗病力。黑麴黴既是酶製劑，又是活菌製劑；本品所含的微生物直接參與動物腸道的屏障作用，補充動物腸道有益微生物的數量，透過生物競爭機制阻止病原微生物的定植和生長繁殖。恢復和維護動物腸道的微生態平衡，從而提高動物的免疫力和抗病能力。

（3）提高飼料的適口性，顯著增加食慾。

2、黑麴黴在秸稈腐熟、生物肥發酵、菌肥方面的應用：

（1）在生物肥料方面的應用主要是作為解磷真菌使用。由於黑麴黴在發酵生長過程中，產生大量草酸和檸檬酸等多種有機酸和植酸酶等多種酶，從而使有機磷和無機磷得以溶解並被作物吸收利用。

（2）黑麴黴能裂解大分子有機物和難溶無機物，便於作物吸收利用，改善土壤結構，增強土壤肥力，提高作物產量的效果。這樣發酵出來的有機肥才會更安全，肥效也會更好。

（3）黑麴黴發酵過程中會產生大量有益代謝產物，能促進其它益生菌生長，從而達到土壤微生態平衡，起到抗病促長的作用。