朱元璋是由平民登上皇帝寶座的，他深知得天下之難，因此，即皇帝位後，為了使子孫世代保住江山，他費盡心血，從各個方面鞏固業已建立起來的明朝政權。其中，重視儒學，尊崇孔子便是他在思想上所採取的最重要的措施。朱元璋雖然出身於社會下層，但他卻十分明白孔孟之道與治理天下的關係。

《明史·儒林傳》說：“明太祖起布衣，定天下，當干戈搶攘之時，所至徵召耆儒，講論道德，修明治術，興起教化，煥乎成一代之宏規，雖天亶英姿，而諸儒之功不為無助也。”朱元璋曾經說：“聖人之道，所以為萬世法。吾自起兵以來，號令賞罰一有不平，何以服眾？武定禍亂，文致太平，悉此道也。”（《典故紀聞》卷一）他對孔子因而頂禮膜拜，十分虔誠。

據《明史·禮志四》記載，朱元璋於洪武元年二月已“詔以太牢祀孔子於國學，仍遣使詣曲阜致祭”。使臣臨行前，朱元璋告諭曰：“仲尼之道，廣大悠久，與天地並。有天下者莫不虔修祀事，朕為天下主，期大明教化，以行先聖之道。今既釋奠成均，仍遣爾修祀事於闕里，爾其敬之。”又規定：“每歲仲春、秋上丁，皇帝降香，遣官祀於國學。以丞相初獻，翰林學士亞獻，國子祭酒終獻。”曲阜孔廟的“大明詔旨”碑的碑文為朱元璋於洪武四年所頒詔書，其中規定了應當祭祀的諸神，如五嶽之神、五鎮之神、四海之神、四瀆之神、城隍之神、歷代忠臣烈士等，除此之外，“其他無功於民者，則為淫祠，有司不得致祭”，唯有孔子，“非有功於一時一方”，因此，對孔子的封爵，“宜仍其舊”。朱元璋初定天下，便首開禮、樂二局，二年又“詔諸儒臣修禮書”。興禮樂，明教化，根本在於學校之興，於是命建太學，還下令各郡縣皆立學校。洪武十五年（1382），太學建成，朱元璋“親詣釋奠”，又詔天下通祀孔子。在尊重孔子與儒學的同時，朱元璋也對孔子後裔特別“優渥”。

元朝至正二十八年，也就是朱元璋剛剛即位的洪武元年（1368），明軍攻取中原地區。

三月，明軍統帥徐達率北伐軍攻下濟寧，朱元璋便下令孔子的五十五代孫、襲封衍聖公孔克堅晉見。

元朝政府對孔氏家族倍加恩崇，孔克堅也受到元朝的重用，因此，對於朱元璋的召見，孔克堅以有病為由推脫，派兒子孔希學前去朝見。徐達只好把孔希學送至京師。孔希學見到朱元璋以後，稱其父因病不能行走，沒能前來。朱元璋非常生氣，於是，他讓孔希學瞭解了自己的實力，對衍聖公恩威並加，說：“若無疾而稱疾，則不可。”孔克堅連忙日夜兼程趕往南京，而朱元璋則派人遠到淮安去迎接，擺出了極為隆重的儀式，包括賜宅一區、馬一匹、米二十石，表示經濟方面的優渥。同年十一月，孔希學襲封衍聖公，朱元璋為之“置官屬，曰掌書、曰典籍、曰司樂、曰知印、曰奏差、曰書寫，各一人”，這樣，衍聖公府成了官府衙門與私家府第相結合的特殊政治經濟實體。

洪武二年（1369），孔克堅代替皇帝祭祀孔子回到京師，朱元璋非常高興，還賜詩一首，說：“孔氏曾孫祭祖回，但言農務野荒開。我言蓋世民容喜，必解春風每歲來。”朱元璋為了表示自己尊孔崇儒的誠意，對孔克堅一直十分禮遇，“待以賓禮而不名，賜廩祿不煩以職，郊社必致膰肉，撫勞甚至”。次年春天，孔克堅生病，朱元璋派人前往問候。由於病情嚴重，朱元璋詔令孔克堅回家鄉治病，還賜以白金等大宗錢物。孔克堅死後，孔希學守孝三年。洪武六年（1373），孔希學服喪期滿，入朝晉見皇帝。八月二十九日，朱元璋召見孔希學，對他撫慰有加，連隨從的僕人也都進行了賞賜。九月，孔希學要回曲阜時，朱元璋令翰林官在光祿寺為之餞行，又賞賜白金以及文綺等物。以後，孔希學每年來朝見，朱元璋都命中使慰勞，安排館宿，進行賞賜。每年正旦，皇帝接受萬國朝賀時，都特意令衍聖公孔希學到場，位列丞相之次。自此以後，衍聖公開始爵階相稱，不再擔任地方官，專門主持孔子祭祀事務。洪武十四年（1381），衍聖公孔希學去世，孔希學的兒子孔訥亦為父親守喪三年。喪期未滿，皇后駕崩，實行國哀，詔令孔訥進京，致祭孝陵。祭祀結束後，入見明太祖皇帝。為此，朱元璋大喜，環視諸位大臣，稱讚說：“孔訥，真聖人子孫！”於是，賜膳於光祿館，命禮官安排在太學食宿，又派尚書到太學慰問。朱元璋還準備讓孔訥馬上襲封衍聖公，只是因為孔訥服喪未滿而停止。次年正月，孔訥喪期已滿，進京朝見皇帝，朱元璋當即令禮官選擇吉日，親自為他舉行了隆重的授爵儀式。在明朝，衍聖公府的地位達到了歷史上最為鼎盛時期，而其基礎是在明初朱元璋時就已經奠定了的。

從孔克堅、孔希學到孔訥，朱元璋對三代衍聖公都恩寵備至，除了給以大量的物品賞賜外，還出資修建孔廟，補充祭田，完善祭祀；為孔廟、孔林等處設定灑掃戶；設立孔、顏、孟三氏學教授司，置教授、學祿、學司各一人；建立尼山書院、洙泗書院，並設立山長；讓孔氏子弟擔任地方長官；免除孔、顏、孟三氏大宗子的徭役；賜給孔府大量的祭田。如此等等，不一而足。與此同時，衍聖公與衍聖公府的政治地位也不斷提高。到朱元璋廢除宰相制度後，衍聖公已經在上朝時班列文臣之首。

從實質上講，朱元璋優渥孔子後裔，在即位之初就首先想到作為孔子後裔的衍聖公府，原因在於他希望藉此爭取民心，從思想上加強統治。

朱元璋起於下層，出家當過和尚，又是起義領袖，在正統儒家學者看來，他起來反對元朝，甚至最終代替元朝而有天下乃是以下犯上。因此，當上封建帝王的朱元璋急需得到社會的認可，特別需要得到封建正統觀念的認可。

當初，朱元璋召見孔克堅時，孔克堅卻稱疾不見。對此，朱元璋大為惱火。但他對作為孔子後裔的衍聖公還是表現得溫和與禮讓，親筆敕諭孔克堅說：“朕聞爾祖孔子重教於世，扶植綱常，子孫非常人等也，故歷數十代往往作賓王家，豈獨今日哉？胡元入主中國，蔑棄禮教，彝倫攸[插圖]，天實厭之，以喪其師。朕率中土之士，奉天逐胡以安中夏，以復先王之舊。雖起自布衣，實承古先帝王之統，且古人而稱帝者，漢之高祖也，天命所在，人孰違之！”在這段話中，朱元璋“崇聖”的原因暴露無遺。由於他本人起自布衣，因而他找到了漢高祖劉邦作為例子，證明自己也同樣可以稱王而居天下的最高統治地位。另一方面，朱元璋所推翻的是異族統治，這又給他取得天下、代替元朝找到了新的藉口，他本人正可以“奉天命”而安撫中夏，驅逐“胡元”。鑑於以往各代的孔子子孫都“往往作賓王家”，朱元璋自然就不能不拉攏和禮遇孔子後裔。朱元璋“尊孔”，說到底是他看中了孔子以及後儒所宣揚的“三綱五常”。

在初次敕諭孔克堅時，朱元璋就說“孔子重教於世，扶植綱常”；在第一次與孔克堅的對話中，朱元璋又繼續稱道孔子“留下三綱五常垂憲萬世的好法度”。

在朱元璋看來，衍聖公作為孔子子孫，非常人可比，因此，他們應當好好讀書，以便為當世諸儒做出榜樣，以“領袖世儒，益展聖道之用於當世”，朱元璋認為他們這樣才算是遵守了祖宗法度，“無愧孔氏子孫”。正因如此，朱元璋才對衍聖公“賜廩祿不煩以職”。他反覆對衍聖公說明：“不委付你勾當”，“不欲於流內銓注，以政事煩爾”。又對他的臣下講：“先聖後裔，特優禮之，養以祿而不任以事也。”