殺菌劑與殺蟲劑是可以混用的，可以更好的保證消毒效果。

無論是新建育苗網室還是已有育苗棚，在所有育苗整理準備工作完成後，臨近播種前都應進行一次棚室內表面消毒處理。常用方法有噴霧施藥法和煙霧施藥法。小型苗棚適合噴霧施藥，大中型苗棚適合煙霧法消毒。

採用藥劑噴霧法消毒，優先選用廣譜的殺蟲劑和殺菌劑，殺菌劑可選250克/升吡唑醚菌酯乳油、60%唑醚·代森聯水分散粒劑、250克/升嘧菌酯、10%苯醚甲環唑水分散粒劑、72%霜脲·錳鋅可溼性粉劑等。

殺蟲劑可選兼治蟎類的18克/升阿維菌素乳油、25克/升高效氯氟氰菊酯乳油、1.8%阿維·高氯乳油和4.8%甲維·高氯氟乳油等。

此時距離蔬菜收穫時間較長，為保證消毒效果，可選擇1-2種殺菌劑和一種殺蟲劑混合使用，施藥濃度宜取上限使用。噴霧時應覆蓋整個棚室內表面。混合藥劑應現配現用，施藥人員應做好防護，確保安全。

煙霧施藥法需要採用煙劑和熏蒸劑等特定劑型的藥劑，或者藉助常溫煙霧施藥機和熱煙霧機等專用器械施藥，並且施藥期間需要密閉棚室，可因地制宜選用。殺蟲可選17%敵敵畏煙劑、22%敵敵畏煙劑、3%高效氯氰菊酯煙劑、15%異丙威煙劑、20%異丙威煙劑和12%噠蟎·異丙威煙劑。

殺菌可用10%腐黴·百菌清煙劑，15%腐黴·百菌清煙劑和12.5%甲霜·百菌清煙劑和電熱硫磺蒸發器等；也可選用辣根素複合生物熏蒸劑，其為滅生性藥劑，兼具殺蟲殺蟎和殺菌作用。噴霧法中所選藥劑大多也適用於常溫煙霧施藥機和熱煙霧機，由於機械施藥穿透性和均勻性好，有條件的宜優先採用。