遺傳圖譜：某一物種的染色體圖譜（也就是我們所知的連鎖圖譜），顯示所知的基因和/或遺傳標記的相對位置，而不是在每條染色體上特殊的物理位置。採用遺傳學分析方法將基因或其它DNA標記按一定的順序排列在染色體上，這一方法包括雜交實驗，家系分析。標記間的距離（遺傳圖距）用減數分裂中的交換頻率來表示，單位為釐摩Centi-Morgan, cM), 每單位釐摩定義為1%交換率。遺傳學圖譜的解像度（解析度）低，大約只能達到100萬鹼基對(1Mb)的水平。

　　物理圖譜：顧名思義，是DNA中一些可識別的界標（如限制性酶切位點、基因等）在DNA上的物理位置，圖距是物理長度單位，如染色體的帶區、核苷酸對的數量等

兩者異同：

　　①遺傳圖譜是基於重組頻率，物理圖譜是基於直接測量的DNA結構。

　　②減數分裂重組的頻率並不統一沿大多數染色體。有一些熱點和冷點在重組和

　　/或突變。熱點和冷點會導致相當大的格律失真時，遺傳圖譜和物理地圖並排排列時。

　　④物理圖譜表示的是基因或標記間的物理距離，距離的單位為長度單位，如μm或者鹼基對數（bp或kp）等。

簡而言之

前者是描述的基因相對位置,後者是具體的鹼基位置

　　二者存在的意義：

　　透過遺傳圖譜，

　　我們可以大致瞭解各個基因或DNA片斷之間的相對距離與方向，如哪個基因更靠近著絲粒，那個更靠近端粒等。遺傳圖譜不僅是現階段定位基因的重要手段，

　　即使在人類基因組全物理圖譜建立起來之後，它依然是研究人類基因組遺傳與變異的重要手段