正常情況下，草菇播種後12小時就可以萌發，並向料內生長。如果播種後24小時，仍未見菌絲萌發或不向料內生長，就有可能是菌絲髮生萎縮。造成菌絲萎縮的原因如下：（1）使用劣質菌種菌齡過長或過短，菌種退化，菌絲生活力弱，抗逆性差，或菌種長時間在溫度過低、過高的環境中存放，都會出現播種後不萌發，菌種塊菌絲萎縮的現象。因此，選用適齡、優質菌種，並確保培養過程中溫度不要過低。（2）培養料溫度控制不當當氣溫較高、培養料偏厚、菇房保溫效能較好時，播種後培養料內溫度較長時間超過45℃，會導致菌絲萎縮、死亡，造成燒菌；當溫度偏低或晝夜溫差過大時，也會引起菌絲生長緩慢、萎縮。（3）缺氧窒息栽培草菇時，含水量過高，超過75%，或薄膜覆蓋過嚴，培養料不透氣，加上菇房通風條件不好，菌絲會因缺氧等萎縮或自溶。因此，培養料處理按寧幹勿溼的原則，噴“出菇水”時再適當增加噴水量。（4）雜菌與害蟲危害競爭性雜菌與草菇菌絲爭奪營養，害蟲如線蟲、蟎、菇蠅幼蟲會蠶食菌絲並引起雜菌、病毒感染，導致菌絲萎縮死亡。（5）藥害播種後，有的菇農在防治病蟲害過程中，因使用藥物不當、濃度過高、使用量過大等不當操作，或噴水的容器裝過農藥未洗乾淨，或在料中添加了過量的尿素而產生重氨料，都會產生藥害，造成菌絲萎縮、死亡。針對以上造成菌絲萎縮的原因，採取相應措施，就可以防止草菇菌絲萎縮。