微生物菌肥是指含有土壤有益菌的肥料。土壤微生物菌群複雜多樣，直觀的簡單分為有益菌和病菌兩大類，土壤有機質的分解、大分子氮肥尿素的降解等都需要土壤有益菌的參與，只有經過有益菌的分解和降解，有機質和尿素才能被農作物根系吸收利用，而根腐病、莖腐病、白絹病、枯萎病、立枯病等都是土壤致病菌引發的作物根頸部病害。

生活中比較常用的有益菌有乳酸菌（製作酸奶）、酵母菌（發麵），沼氣池中分解有機質的甲烷菌也是有益菌，堆肥的發酵腐熟也是在有益菌的活動下完成的。

由以上可以看出，微生物菌肥含有的微生物必須是有益菌，並且還要有活性，這樣的微生物菌肥才是合格的，施到土壤裡才能活化土壤，降解有機質和肥料，提高肥料利用率，降低土壤致病菌含量，提高農作物抗病能力，減少農藥和肥料的使用量，提高產量和品質。為了讓微生物菌肥發揮最大的作用，必須注意以下幾點：

微生物菌肥含有活的有益菌，自身能夠繁殖擴增，因此，微生物菌肥要和有機肥一起使用，加快有機肥的分解，有機肥可以為有益菌提供生活繁殖的原料。

微生物菌肥和畜禽糞便、作物秸稈等一起發酵，不但可以加快畜禽糞便和秸稈的分解腐熟，發酵產生的高溫還可以殺滅糞便和秸稈中的病菌、害蟲，同時，有益菌數量得到快速擴繁，起到自制擴繁微生物菌肥的作用。

微生物菌肥不能和殺菌劑、高濃度化肥等一起使用，也不能放在Sunny下暴曬，防止有益菌失去活性。

微生物菌肥要土施，不能作為葉面肥使用，最好開溝使用，或者作為基肥在耕地時使用。